乙型肝炎是一个全球性的严重公共问题，因此对慢性乙型肝炎（慢性乙肝）的治疗是全球肝病科研和临床工作者面临的极大挑战。
慢性乙肝的治疗目标
慢性乙肝的治疗目标是清除病毒，阻止肝脏炎症和坏死进展，使疾病痊愈；但目前的抗病毒治疗方案尚难达到。据美国肝病年会及亚太地区肝病学会推荐，慢性乙型肝炎以清除或持久地抑制HBV复制为主要目标，减缓和防止进展为肝硬化、肝衰竭和肝细胞癌。
对于何时停止治疗也是广大肝病患者及医师共同关注的焦点问题，目前认为，理想的抗病毒治疗终点是乙型肝炎表面抗原消失或血清学转换、HBV清除，但往往难以实现。当前的抗病毒药物尤其是核苷类似物，比如拉米夫定，尚无可靠治疗终点。采用拉米夫定抗病毒治疗通常以HBeAg阴转为治疗终点，但在HBeAg血清转换后，持续应答率38%～77%, 差别很大；此时一般体内病毒减少，肝脏病变改善，但停止抗病毒治疗后仍可复发，3年累积复发率为36%～54%。故HBeAg阴转只能作为初步治疗终点，此后还应继续抗病毒治疗半年到1年，并密切随访观察患者血清HBV DNA水平的变化，如有回升，应再次进行有效的抗病毒治疗，以获得持续抑制病毒的效果。
抗病毒治疗药物及长期治疗方案的选择
目前美国食品及药品管理局共批准了5种药物用于慢性乙型肝炎的治疗，包括干扰素、拉米夫定、阿德福韦酯、恩替卡韦和聚乙二醇干扰素。
干扰素α疗效确切，40%～60%的患者可获近期疗效，20%～40%可获持续应答，已广泛应用于临床。
拉米夫定于1999年在中国上市，口服吸收迅速，抑制HBV DNA复制，但不抑制病毒复制模板cccDNA，适用于HBeAg阳性或阴性、HBV DNA升高、ALT>2倍正常值上限的肝功能代偿期成年慢性乙型肝炎及肝移植前后；而失代偿期肝硬化要慎用；拉米夫定的缺点在于长期应用易发生YMDD变异及耐药，一旦发生耐药，目前的对策也只能是及时换用其它核苷类似物。
阿德福韦酯为2002年9月在美国批准用于一线治疗慢性乙型肝炎，2005年4月在中国批准上市，是阿德福韦的口服前体药物，它同样抑制HBV DNA复制，但不能抑制病毒复制模板cccDNA，与拉米夫定无交叉抗药。适用于拉米夫定抗药性慢性乙型肝炎（YMDD变异者）、肝硬化代偿期和肝移植后。其优点是长期疗效较好，抗药性发生率低，发生时间晚，对突变株HBV部分有效。
恩替卡韦于2005年3月在美国批准上市治疗慢性乙型肝炎，我国目前已完成Ⅲ期临床研究，上海市静安区中心医院承担了该项临床研究，此方面的研究《中华肝脏病杂志》已在第七期进行了报道。恩替卡韦三磷酸盐是它的活性形式，竞争性抑制HBV DNA，不抑制cccDNA，对拉米夫定耐药者有部分疗效，在拉米夫定耐药者中有部分交叉耐药。0.5mg/天治疗48周发现，对HBeAg阳性患者，72%有组织学改善，67% HBV DNA<300拷贝/ml，68% ALT复常，21% HBeAg阴转；对HBeAg阴性患者，70％有组织学改善，90% HBV DNA<300拷贝/ml，78% ALT复常。与拉米夫定有交叉耐药，治疗1年的耐药性发生率约5.8%。
聚乙二醇干扰素（PegIFN）是将聚乙二醇与干扰素共价结合匹配，其生物活性比传统的IFN有明显提高，同时延长了注射间隔。有研究显示PegIFN治疗者的联合应答率（HBeAg消失、HBV DNA被抑制，ALT正常)为常规干扰素的2倍。
还有一些其它新药，如特必夫定、恩曲他滨、替洛福韦、克拉夫定、双脱氧鸟嘌呤类核苷酸等，正在临床开发阶段。反义RNA、小干扰RNA、乙型肝炎疫苗及各种抗病毒细胞因子正在研究中，可望成为克服免疫耐受的抗病毒策略。
总之，对慢性乙肝长期抗病毒治疗过程中，应定期观察血清学应答、生物化学应答及组织学应答情况，尤其要重视血清HBV DNA水平（保持＜10的3次方拷贝/ml）的动态变化。如在治疗和随访过程中发现HBV DNA逐渐回升，或检测到耐药变异株，应改换或重新选择有效抗病毒药物。
各种抗病毒药物中，单独治疗慢性乙型肝炎的药物疗效都十分有限，今后联合治疗可能会是一种趋势，可以选择的组合有如下几种：干扰素α和核苷类似物联合应用；各种核苷类似药联合应用；干扰素α或核苷类似物和免疫增强剂联合应用；国产抗病毒药和以上联合应用等。至于联合治疗和序贯治疗疗效如何，尚待进一步研究。