肛门失禁的治疗应按发病原因及损伤范围选用不同的治疗方法。肛门失禁如是继发于某疾病，则需治疗原发病灶，如中枢神经系统疾病、代谢性疾病、肛管直肠疾病等，治疗原发疾病，肛门失禁有的可治愈，有的可改进。
(一)非手术疗法
1、促进排便 治疗结直肠炎症，使有正常粪便，避免腹泻及便秘，避免服用刺激性食物，常用多纤维素食物。
2、肛管括约肌操练 改进外括约肌耻骨直肠肌、肛提肌随意收缩能力，增加肛门功能。
3、电刺激 常用于神经性肛门失禁。
Caldwell(1963)将刺激电极置于外括约肌内。Hopkinson(1966),Macleod(1979)用塞和肌电计刺激括约肌和盆底肌，使之有规律收缩和感觉反馈，均可改善肛门功能。
(二)手术疗法
由于手术损伤和产伤或外力暴力损伤括约肌致局部缺陷。先天性疾病，直肠癌肿术后肛管括约肌切除等则需进行手术治疗，可采用括约肌修补术，直肠阴道内括约肌修补术，括约肌折叠术，皮片移植管成形术，括约肌成形术等。
1、肛管括约肌修补术 目的：将切断的括约肌两端瘢痕组织分离、缝合。多用于损伤不久的病例，括约肌有机能部分占1/2者。如伤口感染应在6～12月内修补，以免肌肉萎缩。若就诊时间晚，括约肌已萎缩变成纤维组织，则术中寻找及缝合都困难，影响疗效。方法：沿瘢痕外侧1～2cm处行半环行切口，切开皮肤和皮下组织，将括约肌断端由瘢痕组织处适当分离，切除瘢痕组织，但括约肌断端应留少量纤维组织，以便缝合。沿内外括约肌间隙，将内括约肌由外括约肌处分离，并向上分离肛提肌。分离时注意不要损伤粘膜，用两把组织钳夹住内、外括约肌的断端，交叉试拉括约肌的活动度及松紧度，合适后将直径1.5～2cm的肛门镜塞入肛内，再试拉括约肌。用丝线分别进行端端间断缝合或重叠缝合内、外括约肌，缝合后取出肛门镜，最后缝合皮下组织和皮肤，术后应该控制大便3～4d，便后坐浴换药，保持局部清洁。Marti(1990)曾综合分析文献7位作者的401例括约肌修补的结果，成功率达90%。
2、括约肌折叠术 适用于括约肌松弛病例。
⑴肛管前括约肌折叠术：在肛门前方1～2cm，沿肛缘做一半圆形切口，将皮肤和皮下组织向后翻转，覆盖肛门，牵起皮片，在两侧外括约肌和内括约肌之间可见一三角间隙，用丝线缝合两侧外括约肌，闭合间隙，使肛管紧缩，最后缝合皮肤。
⑵阴道内括约肌折叠术：因切口离肛门较远，故感染机会少。在阴道后壁做一环形切口，将阴道后壁向上分离，显露外括约肌前部，将括约肌牵起，用丝线折叠缝合，使括约肌缩紧。将食指伸入肛管，测试紧张度，伤口上端提肛肌亦予以缝合，最后缝合阴道后壁。
⑶parks肛管后方盆底修补术：适用于直肠脱垂固定术后仍有失禁及自发性失禁患者。在肛缘后方做一孤形切口，皮下分离，将肛管直肠后内、外括约肌之间分离，将内括约肌和肛管牵向前方，并向上分离到耻骨直肠肌上方，尽可能显露两侧髂尾肌及耻尾肌。将两侧肌肉间断缝合，特别是耻骨直肠肌要缝合牢固，以缩短耻骨直肠肌，使肛管肛直角前移，恢复正常角度，外括约肌亦缝合缩短，伤口缝合，放置引流。由于此手术已造成出口处狭窄，若用力排便将使修补处破裂，故术后排便不能用力，必要时腹泻剂，Parks等(1971)曾报告183例，术后肛管自制能力完全恢复达72%，有进步12%，无进步16%。
3、皮片移植肛管成形术 适用肛管皮肤缺损和粘膜外翻引起肛门失禁者。将带蒂皮片移植于肛管内，例如S形皮片肛管成形术。
手术方法：取膀胱截石位，沿外翻粘膜边缘作一环形切口，与周围组织分离，切除多余粘膜，以肛管为中心作S形切口，形成上下二处皮片，上方皮片移向肛管右侧，下方皮片移向肛管左侧，皮片内侧边缘与粘膜相缝合，粘膜缘与皮片可全部缝合。
4、括约肌成形术 目前多用股薄肌或臀大肌移植于肛管周围，代替或加强括约肌功能。适用于括约肌完全破坏或先天性无括约肌，以及不能用括约肌修补术治疗者。