少数肛周脓肿用抗生素，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，手术有两种方式。
（一）单纯性脓肿的治疗
可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用凡士林纱条放入脓腔做引流。
（二）脓腔与肛瘘相通的脓肿
可在切开脓肿后，用探针仔细检查内口，然后切开瘘管，适当切除皮肤和皮下组织，内口周围组织也稍加切除，使引流通畅。如内口较深，瘘管通过肛管括约肌，可采用挂线疗法。以上手术优点是脓肿一期治愈，不再形成肛瘘。但在急性炎症中，找内口有困难时，不应盲目寻找，以免炎症蔓延或形成假道，仅做切开排脓，待形成肛瘘后，再做肛瘘手术。二期手术优点是效果准确，治愈率高。
值得注意的是，文献报告肛门周围脓肿单纯切开引流治疗也有些不再复发，如Hanley(1978)报道35%～40%无复发。Scoma(1974)34%无复发。Vasilevsky(1984)103例肛门直肠脓肿切开引流治疗，随访1月至9年，括约肌间脓肿无复发，83例肛门周围脓肿及9例坐骨直肠窝脓肿，11%发生复发脓肿，37%形成肛瘘。因此，一期手术不应作为常规手术，以免影响肛门功能。