肛瘘不能自愈，必须手术治疗。手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。少数可行肛瘘切除后一期缝合或游离植皮。
(一)挂线疗法
这是一种瘘管缓慢切开法。系利用橡皮筋或药线的机械作用(药线尚有药物腐蚀作用)，使结扎处组织发生血运障碍，逐渐压迫坯 煞费苦心;同时结扎线可作为瘘管引流物，使瘘道内渗液排出，防止急性感染发生。在表面组织切割的过程中，基底创面同时开始逐渐愈合。此种逐渐切割瘘道的方法最大优点是肛管括约肌虽被切断，但不致因括约肌收缩过多而改变位置，一般不会造成肛门失禁。
本法适用于距离肛门3～5cm以内，有内外口低位或高位单纯性直瘘，或作为复杂性肛瘘切开或切除的辅助方法：
1、方法
⑴侧卧位，先在探针尾端缚一橡皮筋，再将探针头自瘘管外口轻轻向内探入，在肛管齿线附近处找到内口;然后将食指伸入肛管，摸查探针头，将探针头弯曲，从肛门口拉出。注意在插入探针时不能用暴力，以防造成假道。
⑵将探针头从瘘管内口完全拉出，使橡皮筋经过瘘管外口进入瘘管。
⑶提起橡皮筋，切开瘘管内外口之间的皮肤层，拉紧像皮筋，紧贴皮下组织用止血钳将其夹住;在止血钳下方用粗丝线收紧橡皮筋并做双重结扎，然后松开止血钳。切口敷以凡士林纱布，术后每天用热1∶5000高锰酸钾溶液坐浴，并更换敷料，一般在术后10d左右，肛瘘组织被橡皮筋切开，2～3周后创口即能愈合。
2、本法优点是
⑴手术简单，操作快，出血少。
⑵在橡皮筋未能脱落时，皮肤切口一般不会发生“架桥”。
⑶换药方便。
3、保持挂线成功的要点：
⑴要准确地找到内口，一般在探针穿出内口时，如不出血，证明内口位置多正确。
⑵伤口必须从基底部开始，使肛管内伤口先行愈合，防止表面皮肤过早粘连封口。一般橡皮筋在7～10d可以脱落。若10d后还不脱落，说明结扎橡皮筋的丝线较松，需要再紧一次。
(二)肛瘘切开术
手术原则是将瘘管全部切开，并将切口两侧边缘的瘢痕组织充分切除，使引流通畅，切口逐渐愈合。本法仅适用于低位直型或弯型肛瘘。操作方法如下。
1、正确探查内口 寻找内口的操作与挂线疗法相同，探得内口后，将探针拉出肛门外，如瘘管弯曲或有分支，探针不能探入内口，则由外口注入1%美蓝色素溶液少许，以确定内口部位，再由外口以有槽探针探查，将管道逐步切开，探查，直至探到内口为止。如仔细探查仍不能找到内口，可将疑有病变的肛窦作为内口处理。
2、切开瘘管并充分切除边缘组织 切开瘘管的全部表浅组织，由外口到内口及相应的肛管括约肌纤维。瘘管切开后应检查有无支管，如发现也应切开。瘘管全部切开后即将腐烂肉芽组织搔刮干净，一般不需要将整个瘘管切除，以免创面过大。最后修剪伤口边缘，使伤口呈底小口大的“V”字形，便于伤口深部先行愈合。
3、肛管括约肌切断 术中应仔细摸清探针位置与肛管直肠环的关系，如探针在肛管直肠环下方进入，虽全部切开瘘管及大部外括约肌及相应内括约肌，由于保存了耻骨直肠肌，不致引起肛门失禁，如探针在肛管直肠环上方进入直肠(如括约肌上肛瘘，括约肌外肛瘘)，则不可做瘘管切开术，应做挂线疗法或挂线分期手术。第一期将环下方的瘘管切开或切除，环上方瘘管挂上粗丝浅，并扎紧。第二期手术俟大部分外部伤口愈合后，肛管直肠环已有粘连固定，再沿挂线处切开肛管直肠环。