临床上可因括约肌损伤、结肠疾病、神经系统疾病、先天性疾病和其他疾病引起肛门失禁。
(一)创伤
主要是括约肌损伤，最多见的原因是肛管直肠部手术和产伤，尤其是高位肛瘘手术破坏肛管直肠和括约肌，产伤中第三度会阴撕裂。国内有报道成人肛门失禁72.5%(65/95)是因手术或治疗方法不当所致。Birmingham(1978～1990)，统计肛门失禁334例，其中外科创伤57例(肛瘘占24例)，产伤占122例。此外，内痔、肛裂、直肠脱垂琢直肠肿瘤等手术处理不当，或肛管部组织遭受外来暴力、药物注射、灼伤、冻伤等均可引起肛门失禁。
(二)肛管直肠结肠疾病
最多见为直肠肿瘤及炎症性疾病，Birmingham(1975～1980)统计肛门失禁341例中直肠癌104例，炎症性肠病70例，直肠脱垂40例。直肠肿瘤浸润破坏括约肌，溃疡性结肠炎，克隆病引起直肠炎症长期腹泻，完全性直肠脱垂引起肛门松弛，阴部神经牵拉受损等127例。
(三)神经系统疾病
如中枢神经系统疾病，脊柱裂，脊髓脊膜膨出，脊髓及骶神经损伤、感染和脊髓瘤;肛门直肠先天畸形和肛门直肠神经障碍均可导致肛门失禁。