怀孕期间患了肛周脓肿要积极治疗，不要因为害怕药物影响胎儿的发育，而盲目的拖延病情，任病情发展对胎儿是不利的。
孕妇患了肛周脓肿后，原则上以中药为主进行治疗，但不可使用三棱、莪术、大黄等妊娠禁忌药物。在感染初期脓肿尚未形成时以消散法为主加清热解毒为辅治疗，脓液形成后，要及时切开排脓引流，口服中药，有益排脓，提高身体抵抗力和免疫力。
孕妇肛周脓肿切开引流后，脓液排出，邪气离开人体，病情只能痊愈，不会再感染，从现代医学来讲，感染化脓后，机体为防止病菌进一步蔓延，在化脓灶周围肉芽组织增生以保护未受损的组织。切开脓肿后，脓液排出，肉芽组织填补和修复脓腔，形成瘢痕，所以不会再出现感染的现象，因此可以不使用抗生素，但应该每天复诊，脓腔冲洗和换药，让脓液排干净，否者也会愈合延迟或脓肿蔓延临近间隙，引起临近间隙的感染化脓。
脓肿切开引流后，每天可煎服黄芪提高免疫功能，不仅有利于肝肾功能，抗感染，还可补气，利于伤口的恢复。