直肠黏膜内脱垂为功能性直肠疾病，可视为直肠脱垂的先兆，也就是说，如果内脱垂再进一步发展可能会脱出肛门外导致真正的直肠脱垂了。因此，有些专家认为直肠黏膜内脱垂与直肠脱垂具有相同的解剖病理学改变，只是轻重不同罢了。由于黏膜下肌腱的断裂造成黏膜层与肌层分离并堆积在肠腔，所以病人有排便阻塞感，排便不尽感等感觉，一旦经过医生确诊后，必须采用相应的治疗才能解决这一问题。
首先建议患者先采用保守治疗方法，如果保守有效可不必手术治疗。保守治疗包括多饮水、多运动、多食蔬菜水果、养成定时排便的习惯、口服药物、外用药物等治疗方法。特别强调不能久蹲厕所，因为越是久蹲，症状可能越会加重，与直肠压力过高，压迫黏膜下移有关。
当药物治疗不理想时，可采用注射术或手术的方法。注射术主要是通过肠黏膜下层注射硬化剂，使黏膜下层发生无菌性炎症反应，通过炎症刺激达到黏膜与肌层发生粘连，对于体质较差，或者年老体衰等不适宜手术者可以采取此法，注射疗法的缺点是容易复发。
手术方法主要采用经肛门手术，包括套扎术以及近年开展的PPH术、TST等。套扎术目前是用带有负压吸引的专用器械，将内脱垂的部分黏膜进行点状套扎，达到治疗效果，套扎点位根据内脱垂部位决定，总之达到肠腔暴露清楚为宜，套扎缺点是套扎皮圈如果不能脱落需二次手术。
PPH术、TST等主要采用痔上黏膜环切或部分切除，然后通过钛钉吻合的方法，使黏膜断端固定于直肠肌层，运用得当，效果良好，疗效确切。