一、病因诊断 对于泌尿系统疾病病因诊断首先应区别是原发性疾病,还是继发性疾病。
原发性疾病包括：①免疫反应介导的肾小球肾炎。②感染性疾病：包括非特异性感染，泌尿系结核，霉菌感染等。③肾血管性疾病：包括肾动脉病变，紧静脉血栓形成等。④泌尿系结石。⑤其它：如肾肿瘤、遗传性肾炎、多囊肾等。
继发性疾病包括有：①循环系统疾病：如高血压、动脉硬化等。②代谢性疾病：如糖尿病、痛风等。③免疫性疾病：如红斑狼疮、过敏性紫癜、结节性多动脉炎等。④化学物理因素：如药物过敏和某些药物及金属类对肾脏的毒性，放射线对肾脏的损害。⑤其它：如溶血尿毒综合症、妊娠肾病等。
二、病变部位诊断
（一）肾小球损害 尿蛋白多为中等量以上，以白蛋白为主，常有血尿，多伴有高血压及水肿，易先出现氮质血症。
（二）肾小管损害 尿蛋白多在中等量以下，以小分子量蛋白为主，尿浓缩功能障碍出现早，易出现脱水、失钾、失钠等水、电解质代谢紊乱。
（三）肾间质病变 以肾间质病变和肾小管损害为主，但到严重时，仍有肾小球功能障碍，往往与肾小管功能损害表现相似，二者不易鉴别。
（四）肾血管病变 肾动脉异常发生肾缺血以明显高血压为主，可伴有肾小球不同程度的损害，肾静脉血栓形成以肾病综合症表现为主。
三、病理诊断 为了准确地肯定病变部位，判断病因和预后，需要在做出临床诊断的同时，尽可能做有关病理诊断的检查，尤其对肾实质性疾病，做病理光镜、免疫荧光和电镜检查很重要，此可明确是原发性肾实质病变，抑或继发性病变，同时可能做出准确病理分类。
四、功能诊断 肾脏功能诊断具有十分重要意义，它决定治疗的方向和判断预后，肾脏功能分为肾小球功能和肾小管功能。前者以滤过率降低和代谢产物潴留为主要表现，后者以水盐代谢紊乱为主要表现。但二者往往同时存在，不能绝然分开，当前多以肾小球的功能来判断肾功能的程度。根据肾功能损害程度可分为四期：①肾功能正常期：肾小球滤过率（GFR）大于70ml/分，血尿素氮<7.14mmol/L，血肌酐<132.6umol/L。②肾功能不全代偿期：GFR介于50-70ml/分，血尿素氮在7.14mmol/L和8.925mmol/L之间，血肌酐在132.6umol/L和176.8umol/L之间。可有轻度乏力，食欲减退。③肾功能不全，失代偿期或氮质血症期：GFR＜50ml/分，血尿素氮大于8.925mmol/L,血肌酐大于176.8umol/L。可有不同程度贫血、食欲减退及乏力。④尿毒症期：GFR<25ml/分，血尿素氮大于21.42mmol/L，血肌酐大于442umol/L。有明显临床表现和水电平衡紊乱，若GFR降至10ml/分以下称尿毒症晚期，降至5ml/分以下称为尿毒症终末期。
五、实验室及其他检查
（一）抗体包裹细菌检查 肾盂肾炎患者尿中的细菌常被人体IgA包裹，应用荧光素标记的抗IgG免疫球蛋白与被抗体包裹的细菌相结合，可见到细菌同围显示出环形荧光则为阳性。此法有助于诊断肾盂肾炎，而在膀胱炎则为阴性。
（二）高渗培养 肾内某些致病菌受到体内防御机制干扰，或长期受到抗生作用，细菌胞膜生长障碍，演变成缺乏细胞膜的细菌，在一般培养基中易溶解破坏，故得不到阳性结果。只有在高渗而富有营养的培养基上重新获得细胞膜，且具有感染力。此法对中段尿常规培养阴性者，有时可获得阳性结果。
（三）放射学检查 包括腹部X线平片，静脉肾盂造影，逆行肾盂造影以及肾脏断层和肾动脉造影等，对于解形态学变化及功能有重要价值。
（四）放射性核素检查 同位素肾图可有助于了解侧肾血流量排泄功能及有无尿路梗阻。同位素断层扫描可了解肾脏形态及肾内无功能区。
（五）超声波检查 系无创伤性检查，对了解肾脏形态、有无结石、肾盂积水及肿瘤颇有价值。
（六）肾活体组织检查 可以提供病理形态学资料，为病理形态学诊断，预后和合理治疗提供依据。但它有一定的局限性，所获组织较小，对局灶性病变有时不能作用诊断。许多继发性肾小球疾病单纯依靠肾活检病理形态学有时不能诊断。且属创伤性检查，因此必须严格掌握适应证。