凝胶电泳（gel electrophoresis）常见问题分析

琼脂糖凝胶电泳检测DNA时,跑出的带后面出现拖尾现象,什么原因造成的?
参考见解： DNA带模糊：
1、 DNA降解??避免核酸酶污染。
2、 DNA上样量过多??减少凝胶中DNA上样量。
3、 所用电泳条件不合适??电泳时电压不应超过20V/cm，温度＜30℃,巨大DNA链，温度应＜15℃，核查所用电泳缓冲液是否有足够的缓冲能力。
4、 DNA样含盐过高??电泳前通过乙醇沉淀去除过多的盐。
5、 有蛋白污染??电泳前酚抽提去除蛋白。
6、 DNA变性，?电泳前勿加热，用20mM NaCl缓冲液稀释DNA。
Marker做琼脂糖凝胶电泳，发现Marker在加样孔有一个明显的亮带，什么原因？
参考见解：marker有时会出现这样的问题,应该是时间久了。新买时跑胶在点样孔没有,过一段时间就会在点样孔出现亮点。也可能是蛋白，有时 DNA提的不纯含有蛋白时就会出现上样孔有条带的现象。

要跑琼脂糖凝胶电泳， 5ng 就能很清楚的跑出来是这样吗？能够照相的清楚的条带，至少需要多少量呢？
参考见解：5ng 已经可以了，但是或许20ng50ng-200ng效果好，在此范围内呈线性。
把210bp的pcr产物进行酶切,得到190+20bp的两个片段,请问能用琼脂糖凝胶电泳检测酶切结果吗?用多大浓度的胶和多大的电压呢?

参考见解：可以用琼脂糖凝胶电泳分开,电压不变,可用1.5%到2%的胶,20bp得片断不一定能看得到,所以应用未酶切的PCR片断作对照。

 

琼脂糖浓度（W/V）	大小范围（bp）
0.6%	1000-23000
0.8%	800-10000
1.0%	400-8000
1.2%	300-7000
1.5%	200-4000
2%	100-3000

 

丙烯酰胺凝胶电泳更适合于分离纯化小分子量核酸（5-500bp）并且分辨率高，可以达到1个bp。所以建议进行丙烯酰胺凝胶电泳试试。

将从组织提取的DNA进琼行脂糖凝胶电泳，用的1.5%的胶加了EB，80V跑1小时，溴酚蓝已经跑到头了，在紫外灯观察什么带也没有，只见孔里面有橘红色的亮光。好象没跑出来，是怎么回事？
参考见解：
1、 根据目的条带长度来调整凝胶浓度，一般1.5％左右，也不一定。
2、 紫外灯下没见带，不一定没有出孔，而是量少看不到，可以测一下浓度看一下，或直接试跑一下PCR。
3、 最好加一个marker孔，尤其你第一次跑胶时。
4、 电泳时间可能过长，一般75v×30min左右，但是具体看溴酚蓝的离孔距离和目的条带离孔距离。