【原理】
逆转录-聚合酶链反应(ReverseTranscription-PolymeraseChainReaction,RT-PCR)的原理是:提取组织或细胞中的总RNA,以其中的mRNA作为模板,采用Oligo(dT)或随机引物利用逆转录酶反转录成cDNA。再以cDNA为模板进行PCR扩增,而获得目的基因或检测基因表达。RT-PCR使RNA检测的灵敏性提高了几个数量级,使一些极为微量RNA样品分析成为可能。该技术主要用于:分析基因的转录产物、获取目的基因、合成cDNA探针、构建RNA高效转录系统。
【试剂与器材】
1.上游引物:5'-CTGGTGGACAACATCGCTCTG-3'
2.下游引物:5'-GGTCTGCTGACCTCACTTGTG-3'
3.OligdT150.1μmol/L
4.TRIzol试剂
5.M-MLV。
6.dNTP2.5mmol/L分别取等体积的10mol/L的dATP,dGTP,dTTP,dCTP四种混合即成
7.TaqDNA聚合酶(国产或进口):浓度为5U/μl,50μl反应液中加1U。
8.消毒三蒸水
9.6×载样buffer0.25%二甲苯青FF,0.25%溴酚蓝,30%甘油
10.50×TAE电泳Buffer12.2gTris,2.85ml冰醋酸,10ml0.25mol/LEDTA(pH8.0),加水至50ml。
11.溴化乙锭(EB)溶液10mg/ml(避光保存),每100ml琼脂糖凝胶加5μl贮存液,即凝胶中EB终浓度为0.5μg/ml,此试剂为强致癌物,要戴手套操作,避免污染环境。
12.DNAMarker
13.各种国产或进口移液器(10,20,100μl)
14.消毒的0.2mlPCR管,10μl,100μltips
15.离心机
16.PCR仪
17.水平电泳槽和电泳仪
18.紫外分析仪
【操作步骤】
1.总RNA的提取
将细胞以4.0×108/L密度接种于用12孔培养板中,每孔3mL,37℃、5%CO2孵箱中培养至细胞贴壁,加入长春新碱,使之终浓度分别为0、10、100μg/mL。继续培养过夜。按Trizol试剂盒说明,在预期时间加入1mLTrizol试剂,置室温5min,吸至1.5mL经DEPC水处理过的EP管中,置室温5min,加氯仿0.2mL,振摇50s,置室温5min,分层。4℃,11000×g离心15min。仔细取上层水相,移至另一EP管中,加0.5mL异丙醇,混匀。置室温10min,4℃11000×g离心10min,用DEPC处理的75%乙醇洗涤沉淀(RNA),4℃,7200×g离心5min,弃上清真空干燥后,沉淀溶解于20μL无RNase的水中,样品保存于-20℃备用。RNA样品用紫外分光光度仪测定A260和A280,计算含量。
2.逆转录
按下列步骤进行逆转录,合成cDNA第一链?总RNA5μL(2μg),
95℃,3min;加oligo(dT)2μL,70℃,5min,冰浴5min,离心?加5×M-MLVbuffer5μL?dNTP(每一种浓度为2.5mmol/L)5μL?M-MLV(200u/μL)1μL?
40U/μLRNase1μL?DEPC处理水6μL,总体积25μL,瞬间离心,混匀,
42℃水浴60min?合成的cDNA于4℃或-20℃保存备用?
3.PCR
取0.2mlPCR管,按下表操作:
试剂
|
加入量
|
最终浓度(或含量)
|
cDNA
|
2μl
|
|
10×buffer
|
5μl
|
1×buffer
|
10×MgCl2
|
5μl
|
2.5mmol/L
|
dNTP
|
4μl
|
|
上游引物
|
5μl(5μmol/L)
|
25pmol
|
下游引物
|
5μl(5μmol/L)
|
25pmol
|
TaqDNA聚合酶
|
0.2μl(5U/μl)
|
1U
|
消毒三蒸水
|
24μl
|
|
总体积
|
50μl
|
|
用手指弹管壁混匀 ,稍离心,盖盖,编号。于PCR仪上进行PCR反应。PCRPCR反应参数为:热启动94℃,3min;94℃,30s,50℃,30s,72℃,50s,30个循环;72℃,3min。反应完成后,取10μL样品在0.8%的琼脂糖凝胶电泳,在紫外灯下观察,成像。