1.病因治疗 积极治疗原发躯体疾病，在大多数病例中在采取相应的病因疗法后精神障碍可得到缓解。
(1)目前尚无有效确切治疗，早期诊断、早期治疗很重要。
(2)抗白血病药物应用，如氨甲蝶呤、门冬酰胺酶等，要注意血脑屏障的关系，特别在疑有神经精神损害时应鞘内用药。要注意药物本身的副作用，如癫痫样发作等。
(3)有脑浸润时深部X线治疗有一定的暂时疗效。
(4)要预防病毒感染、放射线照射等诱发因素。
(5)在重症感染时合理使用抗生素，必要时鞘内注射。
2.对症治疗 由于精神障碍的存在会影响躯体疾病的治疗，躯体疾病的改善也需要有个过程，故在治疗开始须同时应用相应精神药物以对症治疗是十分必要的。精神药物治疗原则与功能性精神疾病不同，①剂量宜小。幻觉、妄想、兴奋、躁动时可选用相应的抗精神病药物，但剂量宜小。②充分考虑药物的副反应和禁忌证，选用同类药品中副反应较少者。意识障碍时抗精神病药须慎用。③精神症状缓解后即应停药。
3.支持疗法 如以意识障碍为主，则需同时施行支持疗法，包括能量供给，维持水、电解质平衡和维生素的补充。
4.心理治疗 应在上述治疗基础上同时进行，但一般需在急性期缓解后或等意识障碍恢复后，患者能接受时在施行。心理治疗手段视精神障碍的种类而定，如抑郁、焦虑、恐惧等以个别、言语性解释、保证为主;对有幻觉妄想的病人症状的解释需审时，往往需要等待药物起效后，或患者在稍能接受的条件下进行，否则引起反感或抵触而拒绝治疗，结果会事与愿违;对精神运动性抑制或缄默、木僵、孤独、退缩者，要加强行为训练;对那些遗留的痴呆、人格改变者心理治疗往往收效甚微。但心理治疗在早期合并应用时可减少智能障碍和人格改变的发生率，于清汉(1995)报道一组对照研究中，合并心理治疗组，精神障碍的缓解率为75.9%，遗留人格改变者为5.1%，智能障碍者6.9%，而不合并心理治疗的对照组，缓解率分别为69%，10.6%，9.8%。
5.加强护理 良好的护理直接关系到躯体性精神障碍的预后和结局。护理工作中既要注意对躯体疾病的护理，又要做好精神科的特殊护理。环境和心理护理有助于消除患者的恐惧、焦虑情绪，对有意识障碍的病人特别要注意安全护理，以防其自伤、意外身亡、摔倒、冲动、毁物等，对抑郁患者应警惕其自杀企图。
(二)预后
预后取决于躯体病的病程和严重程度，恢复后大多不遗留精神缺陷。少数长期陷入昏迷者，偶可遗留人格改变或智能减退。