1.血象 急性菌痢常有白细胞增多，在(10～20)×109/L;中性粒细胞增多，核左移。慢性病例有轻度贫血。
2.粪便检查 大便量少，为脓血黏液便。镜检可见成堆脓细胞，其中有红细胞及巨噬细胞。脓细胞常在10个以上/高倍视野。大便培养分离出致病菌对诊断及指导治疗都有重要价值。宜在抗菌疗法开始前采取标本，取脓血部分，立即送检。搁置过久或与尿液混合，可影响阳性率。采取标本时的病期可以影响阳性结果，发病第1天阳性率最高。可达50%，第6天降至35%，第10天为14.8%。多次送检可以提高阳性率。为了便于分离致病菌，常采用选择培养基，过去常用SS琼脂平板，近年发现对志贺菌属也有抑制作用。采用木糖-赖氨酸去氧胆酸盐琼脂平板，可以提高阳性率，国内亦有采用HE琼脂(Hektoen enteric)培养基及Mac Conkey琼脂平板，取得了较好的效果。分离出阳性菌株，及时进行抗生素敏感度测定，对指导临床用药有参考意义。
3.快速病原学诊断 包括免疫荧光菌球法、增菌乳胶凝集法、协同凝集试验、免疫艳蓝染色法，可以快速从粪便中获得阳性结果，阳性率可达90%以上，对菌痢的早期诊断有一定帮助。
4.单克隆抗体点免疫结合夹心法(DIAB)及反向间接血凝法 最近有人用来检测粪便中福氏痢疾菌的抗原，有较好的灵敏性和特异性，值得进一步研究。
5.DNA探针法 有人采用碱性磷酸酶标记的探针和粪便标本进行杂交。早期阳性率可达85%，较常规培养阳性率56%显著增高，增加了早期诊断阳性率。
6.乙状结肠镜检查 急性菌痢结肠黏膜弥漫性充血水肿，并有浅表溃疡及渗出物，进行乙状结肠镜检查徒有增加患者痛苦，且有一定危险性，一般不宜采用。慢性菌痢则可见结肠黏膜充血、水肿及浅表溃疡，黏膜可呈颗粒状且可见息肉等增生性改变，刮取黏液脓性分泌物送培养可以提高阳性率。
7.X线检查 慢性菌痢进行钡餐或钡剂灌肠，可见肠道痉挛、袋形消失、肠壁增厚、肠腔狭窄及肠段缩短等改变。
菌痢的预防应采取综合措施，重点是切断传播途径，同时做好传染源的管理。
1.管理传染源 主要是对急、慢性患者及带菌者。依靠农村合作医疗站及城市医疗单位，组织疫情报告，早期发现患者，特别对轻症不典型病，进行详细登记以便及时治疗。急性患者应住院或在家中进行隔离、消毒和彻底治疗，隔天1次大便培养，连续2次阴性才可解除隔离。对从事托幼机构、饮食食品行业、食堂炊事人员及自来水厂给水工作人员，必须定期进行大便培养。
2.切断传播途径 做到：“三管一灭”(即抓好饮水、饮食、粪便的管理，灭蝇);“四要三不要”(要彻底消灭苍蝇，饭前便后要洗手，生吃蔬菜水果要洗烫，得了菌痢要及早报告治疗，不喝生水，不吃腐烂不洁的食物，不随地大小便)。灭蝇要防止滋生地形成，根据苍蝇消长的规律，制定全年的灭蝇措施。要特别注意儿童机构及集体单位中菌痢的传播。必须严格贯彻各种卫生制度，如对食具、食物、居室、活动场所及儿童玩具的卫生制度。经常检查集中供水的水质是否合乎卫生要求，农村中井水和河水的水质应特别予以注意。实践证明，除四害、讲卫生、净化环境是切断传播途径的有效措施。
3.保护易感人群 近年来主要采用口服活菌苗，一般采用三种菌苗：①自然无毒株;②有毒或无毒痢疾杆菌与大肠杆菌杂交的菌株;③变异菌株。目前国内主要采用变异菌株，即使用依链株制备疫苗(在含链霉素的培养基上才能生长繁殖的变异无毒株)。我国试制的单价或双价疫苗在36个现场进行了数万人次的观察。证明有较好的效果，保护率为66.41%～99.47%。活菌苗主要通过刺激肠道产生分泌性IgA及细胞免疫而获得免疫性，免疫期可维持6～12个月，少数人服用后可出现腹泻。由于志贺菌属免疫有型的特异性，有时出现不同于所用菌苗的菌型流行，则无保护作用。有些地区在流行过程中，因地制宜，采用中草药预防，如大蒜、马齿苋等口服，也有一定效果。
4.操作食品前应彻底洗手.脏衣和床单应放在带盖的桶内用肥皂水浸泡然后再煮沸消毒.房屋应使用蚊帐纱和屏障.对病人和带菌者应采取相应的隔离措施(特别是对粪便的隔离).一种口服活疫苗正在开发,在流行区的现场试验表明前景看好,但免疫性一般是型特异的.
5.个人卫生方面，喝开水不喝生水，最好使用压水井水，用消毒过的水洗瓜果蔬菜和碗筷及漱口;饭前便后要洗手，不要随地大便;吃熟食不吃凉拌菜，剩饭菜要加热后吃;做到生熟分开，防止苍蝇叮爬食物;最好不要参加大型聚餐活动，如婚丧娶嫁等;得病后要及时就医治疗。