1.丙肝病毒特别狡猾
它可通过一些特殊的机制，把自己重要的基因隐藏起来，并保持其相对稳定；而把免疫系统能够发挥作用的基因抗原——丙肝病毒包膜蛋白-2放在容易发生变异的位置，导致病毒在复制过程中不停地发生变异。
机体免疫系统对原病毒抗原产生的抗体，在迅速突变的新病毒株面前很快失效；而再产生刚刚能对抗新病毒抗原时，病毒又发生了新的变化，从而逃避人体免疫系统对它的清除。因此，至今没有研究出预防丙肝病毒感染的疫苗。
2.丙肝病毒损害肝细胞的手段更多
乙肝病毒只会寄生在肝细胞内，它本身并不引起肝损伤，只有在身体的免疫系统受到病毒刺激而“生气”的时候，才会和肝细胞中的乙肝病毒“打仗”，引起肝细胞“死亡”。所以，乙肝病毒感染者中肝功能正常的病毒携带者很常见。而丙肝病毒可以通过许多办法导致肝细胞损伤。丙肝病毒可以直接破坏肝细胞。
3.丙肝病毒刺激免疫系统
丙肝病毒作恶不仅限于肝脏，它还会改变人体代谢，导致糖代谢、脂代谢紊乱，引起肝细胞脂肪变性，导致肝细胞迫害。丙肝病毒还常常在人体内挑起“内战”。丙肝病毒核心抗原与人体细胞核的一种多肽抗原“长得”十分相像。
感染丙肝病毒后，免疫系统常常误把人体细胞核的多肽抗原当成丙肝病毒核心抗原，其结果没有清除丙肝病毒，反而伤了自身细胞，引起自身免疫性损伤和相关疾病。因此，丙肝病毒比乙肝病毒感染更容易发生肝损害。