世界卫生组织估计，与慢乙肝相关死亡的70%是由肝癌导致的。没有肝硬化而且转氨酶正常的患者也会发生肝癌，因此慢乙肝患者要定期肝癌筛查。
肝癌筛查重要是因为，大多数病人看上去很健康，直到肝癌晚期时才会出现症状；由于肝脏受肋骨的保护，触诊很难发现小的肿瘤，通常肿瘤很大时才能触诊到，也才会有疼痛感，肝癌的生长速度也是非常快的。
常规的肝癌筛查方法包括甲胎蛋白(AFP)检测和超声检查
超声波检查：每3-6个月检查一次
超声波可用来筛查肝脏肿瘤，但超声只能发现80%的肝癌，因此联合AFP检查可以提高肝癌检出率。如果超声波检测不能定论，或者AFP水平升高，则需要做肝脏CT增强扫描，或者核磁共振(MRI)成像，或者进一步评估。
甲胎蛋白(AFP)：每3-6个月检查一次
甲胎蛋白是最常用的肝癌检测方法。
若甲胎蛋白水平在一段时间内持续升高，通常与肝癌有关。因为超过40％肝癌患者的AFP水平在正常范围内，所以需要结合超声波检查来筛查肝癌。
由慢乙肝导致的肝癌通常发生在30-65岁，这是年富力强和负有供养家庭责任的年龄。因此，男性感染者最迟在30岁，女性最迟在50岁开始进行定期肝癌超声波检查。肝癌症状通常不明显，导致多数肝癌患者确诊时已为晚期，肝癌检出后生存时间平均只有6-12个月。但是如果当肿瘤很小时被筛查检出，手术或者非手术治疗的成功性可大大增加，从而延长患者存活时间。
肝癌家族史和肝硬化会增加肝癌的风险，如果患者有家族史或者已发展到肝硬化，不论年龄大小，应每3-6个月进行一次肝脏超声检查。如果超声检查不能定论，则需进一步肝脏CT扫描或核磁共振检查。