先天性弱视症状的发病原因不清楚。可能在出生的过程中，新生儿有视网膜或视路出血，影响了视觉功能的正常发育，形成弱视。眼球震颤也可能是先天性弱视的一个原因。这类眼球震颤的振幅很小，频率高，不容易觉察，通过视镜能够看到眼球有规律的震动。既然有快相，也有慢相，属于冲动性眼球震颤。先天性弱视的治疗相当困难，矫正屈光不正之后，即使经过弱视训练，视力也很难提高。
先天性弱视症状发病机理目前尚不十分清楚。Von Noorden推测新生儿常有视网膜或视路出血，可能影响视功能的正常发育。有些先天性弱视继发于眼球震颤。