沙眼感染早期引起不同程度的怕光、流泪、发痒、异物感、分泌物增多等眼部不适感，眼睑结膜血管充血、乳头增生、滤泡形成，严峻者可侵犯角膜而发生角膜血管翳。角膜上有活动性血管翳时，刺激症状变为显著，视力减退。晚期睑结膜发生严重瘢痕，使睫毛向内倒长形成倒睫。睫毛持续地磨擦角膜引起角膜浑浊、白色瘢痕，晚期常因后遗症，如睑内翻、倒睫、角膜溃疡及眼球干燥等，症状更为明显，并严重影响视力。
沙眼有5个主要体征。一个沙眼患者可以同时有一个以上的体征。WHO已经建立了辨认和命名这些体征的简化分级系统。
⑴沙眼性炎症—滤泡（TF）：这是沙眼第一体征，最常见于儿童，有眼红、粘性物、眼痒、眼痛等不适，眼睑结膜面（把眼睑翻过来看）有称为滤泡的小白点。
⑵沙眼性剧烈—炎症（TI）：当上眼睑结膜面严重红肿、炎症性增厚使血管模糊时，第二个体征沙眼性剧烈—炎症（TI）就可以被确认。
⑶沙眼性疤痕（TS）：经过反复的感染可见第三个体征即眼睑的结膜面出现疤痕体征——眼睑结膜面看起来像白色条纹。
⑷沙眼性倒睫（TT）：当疤痕引起眼睑内层增厚和眼睑形态改变时，它向下牵拉睫毛指向眼球，睫毛摩擦角膜，这称为倒睫，即出现第四个体征沙眼性倒睫（TT）。
⑸角膜混浊（CO）：假如倒睫持续摩擦角膜，看起来本应清澈的角膜发白，这就称为第五体征——角膜混浊。
沙眼诊断时应与下列疾病相鉴别：
1.结膜滤泡症（conjunctival folliculosis）常见于儿童，皆为双侧，无自觉症状。滤泡多见于下穹隆部与下睑结膜。滤泡较小，大小均匀相似，半透明，境界清晰，滤泡之间的结膜正常，不充
血，无角膜血管翳，无瘢痕发生。沙眼的滤泡多见于上穹隆部与上睑结膜，混浊不清、大小不等、排列不整洁，并有结膜充血和肥厚等症状。
2.慢性滤泡性结膜炎（chronic follicular conjunctivitis）常见于学龄儿童及青少年，皆为侧，颗粒杆菌（B.granulosis）可能为其病因。晨起常有分泌物，眼部有不适感。滤泡多见于下穹隆与下睑结膜，大小均匀，排列整齐；结膜虽充血，但不肥厚；1～2年后自愈，无瘢痕形成；无角膜血管翳。
3.春季结膜炎（vernal conjunctivitis） 此病有季节性，主要症状为刺痒。睑结膜上的乳头大而扁平且硬，上穹隆部无病变，易于鉴别。分泌物涂片中可见嗜酸细胞增多。
4.包涵体结膜炎（inclusion conjunctivitis） 成年人与新生儿包涵体性结膜炎在结膜刮片中皆可见包涵体，其形态与沙眼包涵体相同，难以分别。但包涵体性结膜炎皆以急性开始，滤泡皆以下穹隆部与下睑结膜为著，无角膜血管翳，数月至1年即可自愈，并不形成瘢痕，可与沙眼鉴别。