重症沙眼常发生以下后遗症和并发症：
①沙眼性上睑下垂：沙眼感染早期即可出现，上睑提举无力呈欲睡状。在早期是沙眼引起的浸润、充血、水肿而使上睑重量增加和米勒氏肌被侵犯所致。晚期则由于米勒氏肌被破坏、瘢痕形成、失去收缩能力而成永久性上睑下垂。
②睑内翻倒睫：极为常见，由于结膜瘢痕收缩和睑板弯曲畸形，使睑缘向内翻转，而导致睫毛倒向角膜侧生长即倒睫，其刺激角膜引起不适。
③角膜混浊：角膜是俗称的黑眼球，严峻的角膜血管翳及睑内翻倒睫摩擦角膜以致角膜溃疡，角膜混浊变白，视力下降。
④睑球粘连：穹窿部因结膜瘢痕收缩而缩短，甚至完全消失，尤以下方穹窿部为显著，当牵引下睑时在眼睑和眼球间的结膜可见有垂直的皱襞，即为本征。
⑤实质性结膜干燥症：由于结膜广泛结瘢，使杯细胞和副泪腺分泌功能遭到破坏，泪腺管闭塞，以致结膜不能被湿润，而逐渐干燥，角结膜上皮发生角化，表现为干涩、刺痒等不适。
⑥慢性泪囊炎：沙眼病变累及泪道粘膜，鼻泪管发生狭窄或阻塞，导致慢性泪囊炎，表现为流泪、流脓或挤压鼻根部大量脓液溢出。