1. 琼脂糖凝胶电泳直接观察
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在 RNA 电泳图上,28S 条带上方出现额外的高分子量条带 / 整体拖尾,或出现明显的基因组条带。
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点样孔附近发亮、条带弥散、背景脏。
出现以上情况,提示有基因组 DNA 污染。
2. RT‑PCR 对照实验(最可靠、最常用)
做两组反应:
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+ 逆转录酶组(正常 RT‑PCR)
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− 逆转录酶组(不加逆转录酶,其他完全相同)
结果判断:
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–RT 组仍扩增出目的条带 → 说明 RNA 中有基因组 DNA 污染。
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–RT 组无条带 → 无 DNA 污染。
3. 引物跨内含子设计(特异性判断)
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引物设计在不同外显子、跨内含子区域。
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若扩增出比 cDNA 产物大的条带(基因组条带),说明有 gDNA 污染。
4. 紫外分光光度法辅助判断
OD260/OD280 偏高(>2.0)且电泳条带异常,也可辅助提示可能有 DNA 混杂。
极简背诵版(考试直接写)
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电泳观察:28S 上方出现高分子量条带或拖尾。
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–RT 对照 PCR:无逆转录酶仍有扩增条带,提示存在基因组 DNA 污染。
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跨内含子引物 PCR:扩出基因组大小片段。