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如何判断RNA是否被基因组DNA污染?

作者:中华医学网发布时间:2026-04-10 10:17浏览:

1. 琼脂糖凝胶电泳直接观察

 
  • 在 RNA 电泳图上,28S 条带上方出现额外的高分子量条带 / 整体拖尾,或出现明显的基因组条带
  • 点样孔附近发亮、条带弥散、背景脏。
 
出现以上情况,提示有基因组 DNA 污染
 

2. RT‑PCR 对照实验(最可靠、最常用)

 
做两组反应:
 
  1. + 逆转录酶组(正常 RT‑PCR)
  2. − 逆转录酶组(不加逆转录酶,其他完全相同)
 
结果判断:
 
  • –RT 组仍扩增出目的条带 → 说明 RNA 中有基因组 DNA 污染
  • –RT 组无条带 → 无 DNA 污染。
 

3. 引物跨内含子设计(特异性判断)

 
  • 引物设计在不同外显子、跨内含子区域。
  • 若扩增出比 cDNA 产物大的条带(基因组条带),说明有 gDNA 污染。
 

4. 紫外分光光度法辅助判断

 
OD260/OD280 偏高(>2.0)且电泳条带异常,也可辅助提示可能有 DNA 混杂。
 

 

极简背诵版(考试直接写)

 
  1. 电泳观察:28S 上方出现高分子量条带或拖尾。
  2. –RT 对照 PCR:无逆转录酶仍有扩增条带,提示存在基因组 DNA 污染。
  3. 跨内含子引物 PCR:扩出基因组大小片段。