利用生物信息学工具预测 B 细胞表位(标准简答版)
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获取并预处理抗原蛋白序列
从 NCBI、UniProt 等数据库下载目标蛋白氨基酸序列,进行序列比对、去除信号肽等无关区域。
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分析蛋白结构特征
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预测蛋白亲水性、表面可及性、柔性区域
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分析抗原性指数、带电性分布
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B 细胞表位多位于蛋白表面、亲水性强、柔性较高的区域。
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ABCpred、BCPREDS、BepiPred、SVMtrip
输入蛋白序列,软件输出打分较高的连续线性表位片段。
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预测构象型 B 细胞表位
有蛋白三维结构时,用工具:
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DiscoTope、ElliPro、PEPITO、CBTpred
基于 PDB 结构,识别空间上靠近、表面暴露的不连续构象表位。
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综合打分筛选
综合亲水性、柔性、表面可及性、抗原性指数及工具预测分值,选取高分重叠区域作为候选表位。
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实验验证
用 ELISA、中和实验、点突变等方法验证候选表位的结合能力与免疫原性。
极简背诵版(考试直接写)
先获取抗原蛋白序列并去除信号肽;通过生物信息学工具分析其亲水性、表面可及性、柔性及抗原性;利用 BepiPred、ABCpred 等预测线性 B 细胞表位,利用 DiscoTope、ElliPro 等结合蛋白结构预测构象型表位;综合各指标筛选高分候选区域,最后经实验验证确定优势 B 细胞表位