探针冷竞争反应：
Nuclease-Free Water 4微升
EMSA/Gel-Shift结合缓冲液（5X） 2微升
细胞核蛋白或纯化的转录因子 2微升
未标记的探针 1微升
标记好的探针 1微升
总体积 10微升
突变探针的冷竞争反应：
Nuclease-Free Water 4微升
EMSA/Gel-Shift结合缓冲液（5X） 2微升
细胞核蛋白或纯化的转录因子 2微升
未标记的突变探针 1微升
标记好的探针 1微升
总体积 10微升
Super-shift反应：
Nuclease-Free Water 4微升
EMSA/Gel-Shift结合缓冲液（5X） 2微升
细胞核蛋白或纯化的转录因子 2微升
目的蛋白特异抗体 1微升
标记好的探针 1微升
总体积 10微升
（2） 按照上述顺序依次加入各种试剂 ,在加入标记好的探针前先混匀，并且室温（20-25℃）放置10分钟，从而消除可能发生的探针和蛋白的非特异性结合，或者让冷探针优先反应。然后加入标记好的探针，混匀，室温（20-25℃）放置20分钟。
（3） 加入1微升EMSA/Gel-Shift上样缓冲液（无色，10X），混匀后立即上样。注意：有些时候溴酚蓝会影响蛋白和DNA的结合，建 议尽量使用无色的EMSA/Gel-Shift上样缓冲液。如果对于使用无色上样缓冲液在上样时感觉到无法上样，可以在无色上样缓冲液里面添加极少量的蓝色的上样缓冲液，至能观察到蓝颜色即可。
5. 电泳分析：
（1） 用0.5XTBE作为电泳液。按照10V/厘米的电压预电泳10分钟。预电泳的时候如果有空余的上样孔，可以加入少量稀释好的1X 的EMSA上样缓冲液（蓝色），以观察电压是否正常进行。
（2） 把混合了上样缓冲液的样品加入到上样孔内。在多余的某个上样孔内加入10微升稀释好的1X的EMSA/Gel-Shift上样缓冲液 （蓝色），用于观察电泳进行的情况。
（3） 按照10V/厘米的电压电泳。确保胶的温度不超过30℃，如果温度升高，需要适当降低电压。电泳至EMSA/Gel-Shift上样缓 冲液中的蓝色染料溴酚蓝至胶的下缘1/4处，停止电泳。
（4） 剪一片大小和EMSA胶大小相近或略大的比较厚实的滤纸。小心取下夹有EMSA胶的胶板，用吸水纸或普通草纸大致擦干胶板边 缘的电压液。小心打开两块胶板中的上面一块（注：通常选择先移走硅烷化的那块玻璃板），把滤纸从EMSA胶的一侧逐渐覆盖住整个EMSA胶，轻轻把滤纸和胶压紧。滤纸被胶微微浸湿后（大约不足1分钟），轻轻揭起滤纸，这时EMSA胶会被滤纸一起揭起来。把滤纸侧向下，放平，在EMSA胶的上面覆盖一层保鲜膜，确保保鲜膜和胶之间没有气泡。
（5） 干胶仪器上干燥EMSA胶。然后用X光片压片检测，或用其它适当仪器设备检测。