4．上样
1）上样前在已制好胶的电泳槽中倒入电泳缓冲液，液面高度应超过上槽短玻璃板的上缘5mm，下槽只要超过电极丝即可。
2）双手缓慢小心地取出样品梳，即可看到界线清晰的加样孔。如加样孔之间的胶条不平整，可用一平头针注射器校正。
3）用微量进样器吸取一定量已处理好的样品液或对照液，按预定顺序加入凹型凝胶加样孔中底部（注意校正胶条和加样时动作要轻缓，针头不要刺伤胶面）。每加完一个样品应用水洗涤进样器。不用的加样孔可加上等体积的1X样品缓冲液。
4）记下加样顺序。
5．电泳
1）用导线将上槽电极与电泳仪负极相连，下槽电极与正极相连。
2）当样品在浓缩胶中时，调节电压使电流为10~12mA（电压为80~100V）。
3）当溴酚兰前沿进入分离胶后，调节电压使电流 20~22mA（电压为100~200V）。
4）继续电泳至溴酚兰前沿接近分离胶底部3~5mm时（注意不要使染料逸出到下槽电泳缓冲液中），调节电压至零，关闭电源（整个过程需3~4小时）。
5）拆除导线，回收电泳缓冲液。
6．考马斯亮兰染色
1）染色：电泳完毕后，松开螺栓，取出胶模框，剥出玻璃板。用小不锈钢勺从浓缩胶一端轻轻撬开玻璃板（注意防止凝胶破裂），在凝胶右下角切去一小块以标注方位。用水将凝胶冲洗至一培养皿中，尽可能倒去水，加入考马斯亮兰染色液至浸没胶面，并除去凝胶下的气泡（否则脱色后有花纹），固定染色过液。
2）脱色：次日弃去染色液，水洗2~3次后，加脱色液I浸没胶面，置摇床上脱色，2~3次（3~4小时）后，再用脱色液II脱色2~3次（3~4小时），直到凝胶上背景脱净为止。水洗 2~3次，记录结果。
注1：为加快脱色速度，可采用以下方法：
a．用含30% 甲醇、10% 乙酸的混合液脱色。
b．用正常的脱色液在较高温度（如45℃）下脱色。
c．在正常脱色液中加入数克阴离子交换树脂或放入一块海绵，以吸附从凝胶上洗脱下来的染料。
注2：脱色越充分，考马斯亮兰染色检出的蛋白质下限就越低。一般脱色8小时，可检测到含0.25μg蛋白质的电泳带；脱色24小时，下限可低至0.1μg。
3）脱色后的凝胶可暂时保存在水中。如果保存在脱色液中，会使已染色的蛋白带脱色，此时可重新染色。
4）为保存永久性记录，可对已染色的凝胶拍照，或把已染色的凝胶干燥成胶片保存。为防止凝胶干燥后龟裂，可将脱色后的凝胶在保存液（25ml 87% 甘油加225ml脱色液II）中浸泡30分钟，然后用凝胶真空干燥器干燥成胶片。
7．银染
1）固定：电泳后立即将凝胶置干净的培养皿中，用固定液浸泡2小时，每小时换一次固定液。弃去固定液，用水浸洗1小时。弃去水，将凝胶置1% 戊二醛溶液中浸泡15分钟。弃去戊二醛溶液，再用水洗2次，每次15分钟。
2）银染：将凝胶置硝酸银溶液中浸泡15分钟，弃去硝酸银溶液，再用水洗3次，每次15分钟（注意清洗时必须防止凝胶表面干涸，否则会出现人为染色假象）。
3）显色：将凝胶置显色液中，平缓摇动5分钟左右（时间过长会导致凝胶出现较高的银染背景），待蛋白质条带显色后，置10% 乙酸中数分钟停止染色。用水洗3次，每次10分钟。
4）如欲保存，可按6.4) 下方法干燥（注意不要加温，否则会使银染色漂白）。
四．结果判断
1．通常，生产过程中的质量检验采用考马斯亮兰染色，最终产品用银染色。
2．做产品鉴别（还原型电泳）时，凝胶用双波长飞点扫描仪扫描，样品迁移率应与对照品一致。由样品与标准分子量蛋白的相对迁移率计算，样品分子量应为22,000。
3．做纯度分析（非还原型电泳）时，用双波长飞点扫描仪扫描，聚合物含量应不大于 5%，水解片断含量应不大于5%，单体含量（纯度）应不小于90%。