(一)发病原因
与其它肿瘤一样，病因不详，可能与饮食因素、环境因素、遗传因素以及幽门螺杆菌感染有关。另外存在诸如慢性萎缩性胃炎、胃溃疡、胃息肉、胃粘膜上皮细胞化生及胃粘膜上皮异型增生等癌前变化。目前，对贲门癌的发病原因了解还很少，加之在一些亚洲、北美及欧洲国家贲门癌的发病率呈逐年上升趋势，因此需要对贲门癌进行多学科的综合研究，提高其早期诊断与治疗水平以及病人的术后5年生存率。
贲门癌的病因复杂。一般认为生活环境与饮食是人类上消化道各种癌肿的两种主要致癌因素，也与胃食管反流及食管裂孔疝可能有一定关系。胃癌的组织发生学中，胃溃疡、胃息肉(腺瘤)及慢性萎缩性胃炎过去皆被认为是胃癌的癌前期病变。近年的研究发现上述几种情况发生癌变的机会很小，贲门癌作为胃癌的特殊类型，上述病变与贲门癌的组织发生关系不大。目前比较多认为贲门癌是起源于有多方向分化潜能的贲门腺的颈部干细胞，干细胞可以形成具有贲门或腺上皮特点的腺癌。光镜、电镜和组化研究发现贲门癌是混合型，有力支持该观点。不典型增生是贲门癌的癌前病变，它也是在上述与贲门癌发病有关的溃疡、息肉、萎缩性胃炎共有的关键病理过程。当他们发生不典型增生的改变时才可能癌变，其中结肠型发生多数具有不典型增生的性质。
Schottenfeld(1984)对北美和欧洲食管癌流行病学的研究发现饮酒和吸烟是食管鳞癌的重要危险因素，但在食管腺癌与贲门的发病原因中，其作用并不明确。
(二)发病机制
1.大体分型
(1)进展期：胃肠道肿瘤分型一般沿用Borrman分型，其基本分类为蕈状、溃疡Ⅰ型、溃疡Ⅱ型与浸润型。我国作者据此对贲门癌分4型。
①隆起型：肿瘤为边缘较清晰的向腔内隆起的肿块，呈菜花、结节巨块或息肉状，可有浅溃疡。
②局限溃疡型：肿瘤为深溃疡，边缘组织如围堤状隆起，切面与正常组织境界清晰。
③浸润溃疡型：溃疡之边缘不清晰，切面与周围组织分界不清。
④浸润型：肿瘤在贲门壁内浸润生长，受累处均匀增厚，与周围组织无界限，周围黏膜常呈放射状收缩。
大体分型与组织学类型有关，1、2两型以高分化腺癌和黏液腺癌较多。浸润溃疡型以低分化腺癌及黏液腺癌的比例为多。浸润型则多数是低分化弥漫型腺癌或黏液腺癌。外科治疗预后以隆起型最好，局限溃疡型第二，浸润溃疡型较差，浸润型最差。
贲门腺癌的组织学类型主要有二类：腺癌与有明显黏液分泌的黏液腺癌。此二类又根据分化程度各自分为高分化、低分化和弥漫型三个亚型。分化程度之高低与手术预后关系密切。除了腺癌与黏液腺癌，贲门癌还有一些少见的组织学类型，如腺鳞癌、未分化癌、类癌(嗜银细胞癌)以及癌肉瘤等。
(2)早期：早期贲门癌大体形态与胃其他部位和食管的早期癌相似。可以简单分为三型，
①凹陷型：癌瘤部黏膜呈不规则的轻度凹陷，有少数为浅溃疡，与周围正常黏膜分界不明确，镜下分化常较差。
②隆起型：癌变部黏膜增厚粗糙，稍有隆起，部分表现为斑块、结节或息肉状，以高分化腺癌占多数。
③隐伏型：病变部黏膜颜色略深，质地略粗，此外大体无明显改变，经组织学检查始确诊，是3型中比较最早的形态。
2.贲门癌的扩散与转移规律
(1)直接浸润蔓延于食管下端胃的其他部分，裂孔部膈肌、肝左叶、肝胃韧带、胰尾、脾门，脾以及其他腹膜后结构。