国外一项研究表明，乙肝的抗病毒治疗能降低肝癌的总体发病率，但是在抗病毒治疗过程中一定要注意以下问题才可以达到最理想的效果。
1、抗病毒治疗的最佳时机
抗病毒治疗的最佳时机为患者的免疫清除期，在此期间患者血清HbeAg和HBV-DNA水平显著降低，血清谷丙转氨酶水平升高，肝脏出现活动性炎症。但并非所有的乙肝患者都需抗病毒治疗，对于“大三阳”伴血清HBV-DNA高水平，但血清谷丙转氨酶正常的患者一般暂不考虑治疗，而是予以每3-6月的定期复查。
当血清谷丙转氨酶大于正常值2倍持续3-6个月，HBeAg阳性且达到一定水平时应予以抗病毒治疗。
2、乙肝初治应怎样选择药物？
在选择初治药物时，最需要关注的就是药物的抗病毒能力和耐药性。优先推荐强效低耐药的恩替卡韦、替诺福韦酯作为治疗一线药物，特别是病毒载量高的患者，更应首选，这是因为强效低耐抗乙肝病毒药可以为患者带来见效快、耐药率低、长期疗效好的益处。
3、什么时候可以停药？
在HBVDNA低于检测下限、ALT复常、HBeAg血清学转换达标后再巩固治疗至少3年（每隔6个月复查1次）仍保持不变者，可考虑停药，但延长疗程可减少复发；而HBeAg(乙肝e抗原)阴性的初始治疗患者建议达到HBsAg消失且HBVDNA检测不到，再巩固治疗1年半（每隔6个月复查,至少3次）仍保持不变时才可考虑停药。
4、如果病毒耐药了怎么办？
建议在抗病毒治疗过程中定期监测HBVDNA，及时发现原发性无应答、应答不佳或病毒耐药的患者，合理调整用药，以提高疗效并降低耐药的发生。一旦发生病毒耐药，需要采血进行耐药相关基因突变的检测，并尽早给予挽救治疗。
5、孕期间可以用核苷酸类药物吗？
有生育要求的慢性乙肝患者应尽量于孕前应用抗病毒药物治疗，以期于孕前6个月完成治疗。已怀孕的女性建议在妊娠中、晚期应进行抗病毒治疗。主要是为了降低新生儿HBV感染率，并及时监控，在医生指导下停药。
需要着重说明一点的是：抗乙肝病毒治疗很重要，但不是说抗病毒治疗就一定能避免肝癌的发生；在抗病毒治疗的过程中还要密切（每年2-4次）随访彩超或者CT，以及肿瘤标志物AFP、HBVDNA、肝功能，必要时行肝穿刺活检，争取能在早期发现肝癌，获得更好的治疗和更佳的效果