(一)治疗
目前，朊蛋白感染疾病仍属于无法治愈的致死性疾病，临床只能对症处理并发症及给予支持治疗。随着人们对该病发病机制的逐渐阐明，不远的将来人们有可能找到治愈这类疾病的原则与方法，能找到控制PrPC转变为PrPSC或PrPCJD的途径，因为人们已经发现缺乏PrPC基因的鼠并不发生CJD，因此，应用反义寡核甘酸或基因治疗，可能达到预期目的。另一有利方面，此组疾病的防治已引起WHO及其相关机构的高度重视。
(二)预后
朊蛋白感染疾病潜伏期长、短病程，即发病后进展快，持续性进展，多在数月至1年内死亡，无特效疗法。预后极差。
1.血尿便常规、生化、肝肾功能常无异常所见。
2.脑脊液细胞和蛋白多数在正常范围，少数病例蛋白轻度升高。双向电泳可见异常蛋白。利用免疫方法检测脑脊液中14-3-3脑蛋白，对CJD具有极高的诊断价值。
3.血清S100蛋白的诊断价值 血清S100蛋白浓度测定，对CJD诊断特异性达到81.1%，敏感性为77.8%。
4.脑电图检查 脑电图改变被认为是临床诊断CJD的重要根据，疾病的不同时期，脑电改变也不尽相同。
5.头颅影像学检查 通常在早期头颅CT、MRI无异常所见。病情进展快至中晚期可见皮质萎缩，排除其他各种局灶性脑病，有助于临床诊断。
6.正电子脑扫描(PET) 可测定大脑各叶代谢率变化。
7.脑活检对临床确诊具有重要意义。
预防重点应是严格处理朊蛋白感染疾病病人的脑组织、血和脑脊髓以及与病人组织体液接触或用过的手术器械、敷料及其废弃物，要采取严格消毒措施。
手术器械可在高压132℃ 60min或10%次氯酸钠溶液浸泡60min，共3次。或1N氢氧化钠溶液浸泡30min，共3次。敷料和尸检病理组织以焚烧处理为宜，取血注射器和针头宜用一次性制品，用后应作严格销毁焚烧处理为妥善。医护接触病人尤其取血、注射或手术要避免皮肤黏膜损伤或戴手套以免造成“自家接种”遭致传染的危险性。
朊蛋白感染疾病的病变损害，常累及皮质、底节、丘脑、小脑、脑干甚至脊髓前角等广泛中枢神经系统，导致精神、意识、智能障碍，故可以出现各系统功能失调及障碍，如延髓麻痹可致进食困难、呛咳、肺部感染;脑干病变也可影响心血管功能;长期瘫痪卧床引致褥疮等。