1、常见的低血钙、低血糖、低血镁、维生素b6缺乏，甲状腺功能低下等营养代谢障碍及内分泌疾病也是引起小儿癫痫病因。此外，外伤和高热惊厥后脑损伤同样也能够导致小儿癫痫的发病。
2、这类患者往往有先天脑发育畸形的情况。如果没有先天性脑发育畸形的话，那么就是灰质异位症。此外患者可能还会有神经皮肤综合症。神经皮肤综合症中最常见的就是结节性硬化，神经纤维瘤病和脑三叉血管瘤病等。
3、遗传代谢病。如果患者过度依赖苯丙酮尿症、高氨血症、脑脂质沉积症、维生素b6等，就很有可能会得癫痫。另外，还有一种特殊的围产期脑损伤所造成的小儿癫痫。比如主要是产伤、窒息、颅内出血、缺氧、缺血性脑病等所造成的。
4、像细菌性脑膜炎、脑脓肿、病毒性脑炎、霉菌性脑膜炎、脑寄生虫病、接种后脑炎、传染后脑炎等所造成的颅内感染也会间接的引起小儿癫痫的发生。此外，脑血管疾病也可能会导致小儿癫痫的发病。