感染性直肠炎可用抗生素治疗。非特异性直肠炎的男同性恋者可根据经验采用强力霉素(100mg，每日2次)或甲氧苄啶-磺胺甲口恶唑(160/800mg，口服，每日2次)或环丙沙星(500mg，每日2次)连用7天。与抗生素相关性肠炎用甲硝唑(250mg，口服，每日4次持续7～10天)或万古霉素(250mg，口服，每日4次，持续7～10天)，放射性直肠炎的治疗与非特异性直肠炎类似，其包括局部的泡沫型皮质类固醇药(氢化可的松90mg)或灌肠(含氢化可的松100mg或强的松龙40mg)每日2次，共3周；或美拉沙敏(4g)，睡觉时灌肠，持续3～6周，美拉沙敏栓剂500mg，每日1次或2次，美拉沙敏800mg，口服，每日2次，或柳氮磺胺嘧啶500～1000mg，口服，每日4次，共3周或更长，单独或与局部治疗联合应用，也可能有效。对这些治疗无效的患者进行一个疗程的全身性皮质类固醇治疗可能有益。小心地用表面福尔马林处理受损粘膜可能有助于控制放射性直肠炎继发的出血。