(一)基本病变
1. 变质性变化 肾小球肾炎时，由于各种蛋白溶解酶和细胞因子的作用，导致基底膜通透性增加，肾小球固有细胞变性，乃至纤维素样坏死。
2. 渗出性变化 肾小球肾炎时常有白细胞渗出，主要是中性白细胞和单核细胞，偶见少许嗜酸性白细胞。渗出的中性白细胞释放蛋白水解酶，破坏内皮细胞、上皮细胞及基底膜。此外，红细胞也可漏出，其数量多少不等，大量漏出可见肉眼血尿；小量漏出时仅见镜下血尿。肾小球内有时可见纤维素渗出。渗出的液体成分多随尿排出，所以形态学表现不明显。
3. 增生性变化 肾小球内细胞数目增多是多种肾小球肾炎的特征之一。主要是肾小球固有细胞的增生。可表现为以系膜细胞和内皮细胞增生为主的毛细血管内细胞增生和以肾小囊上皮细胞增生为主的毛细血管外细胞增生，后者常形成新月体。肾小球肾炎的后期，系膜基质增多，导致肾小球硬化。
(二)病理学分类
原发性肾小球疾病分类
1.轻微肾小球病变 (minimal change disease)
2.局灶性节段性肾小球肾炎(focal segmental glomerulonephritis)
3.局灶性节段性肾小球硬化(focal segmental glomerulosclerosis)
4.弥漫性肾小球肾炎(diffuse glomerulonephritis)
①膜性肾小球肾炎(membranous glomerulonephritis)
②增生性肾小球肾炎(proliferative glomerulonephritis)
系膜增生性肾小球肾炎(mesangial proliferative glomerulonephritis)
毛细血管内增生性肾小球肾炎(endocapillaryproliferative glomerulonephritis)
膜增生性肾小球炎(membranoproliferativeglomerulonephritis)
新月体性肾小球肾炎(crescentic glomerulonephritis)
③硬化性肾小球肾炎(sclerosing glomerulonephritis)
5.IgA 肾病(IgA nephropathy)
6.未分类肾小球肾炎(unclassified glomerulonephritis)
肾小球的病变根据其分布特点描述为弥漫性、局灶性、球性和节段性。弥漫性和局灶性是指受病变累及的肾小球占全部肾小球的比例而言，几乎所有(50%以上)肾小球被病变累及，称弥漫性(diffuse)；仅部分肾小球有病变，称局灶性(focal)。球性和节段性是指病变对一个肾小球侵犯的程度而言，病变累及整个或几乎整个肾小球，称球性(global)；病变仅累及肾小球的一部分，称节段性(segmental)。