可见白细胞及血小板减少，凝血酶原时间延长和肝功能异常，血清淀粉酶常升高，可出现蛋白尿。一些病例曾证实存在DIC。诊断主要依靠病毒分离和免疫学检查。发病第1周取血接种于豚鼠或Vero细胞用于分离埃博拉病毒。血清特异性IgM、IgG抗体最早可于病程10天左右出现，IgM抗体可持续存在3个月，是近期感染的标志，IgG抗体可持续存在很长时间，主要用于血清流行病学调查。另外也有用双抗夹心法检测病毒抗原和PCR技术检测病毒核酸，但这些检查必须在P4级实验室中进行，以防止感染扩散。
电镜下可找到病毒，但阳性率较低。