70%的急性水样便腹泻宝宝不必使用抗生素，一般可以服用肠黏膜保护剂，如思密达，可以固定吸附有害病菌及其毒素，使病原物不易侵入肠壁，保护并促进肠黏膜再生修复。滥用抗菌药物会造成细菌耐药菌株不断增多，同时还可继发肠道菌群失调、霉菌性肠炎等，使腹泻病迁延或加重。
哪种腹泻类型要服用抗生素呢？需要抗生素治疗的腹泻有：菌痢、霍乱、婴幼儿沙门菌肠炎、各种重症腹泻、免疫功能低下人群的腹泻。通常来讲，如果大便带脓血，就需要使用抗生素；12岁以下的腹泻患儿，突然发热，面色苍白，四肢发凉，肌肉发紧，这样的痢疾，也要使用抗生素。
轮状病毒A种的感染是婴儿与幼儿腹泻的单一主因，几乎世界上每个大约五岁的小孩都曾感染过轮状病毒至少一次。在我国，0～2岁以内的婴幼儿人数约为4000万人（含新生儿），每年大约有1000万婴幼儿患轮状病毒感染性胃肠炎，占婴幼儿人数的1/4，是引起婴幼儿严重腹泻的最主要病原。
当儿童受到这类病毒感染时，在症状发生前大约会有两天的潜伏期。
健康的肠黏膜细胞会分泌乳糖酶进入小肠；轮状病毒感染可引起乳糖酶缺乏而造成的乳糖不耐症，这个症状可以持续数周。这是轮状病毒感染建议吃无乳糖配方奶的依据。