根据病毒复制水平、机体免疫系统状态和肝损害情况，乙型肝炎的疾病发展过程一般可人为地划分为4个期，即免疫耐受期、免疫清除期、非活动期或低（非）复制期和再活动期。
免疫耐受期
免疫耐受期的特点是血清HBsAg和HBeAg阳性（即“大三阳”状态），HBVDNA载量高，但血清谷丙转氨酶(ALT)水平正常，肝组织学无明显异常，或轻度炎症坏死、无或仅有缓慢肝纤维化的进展。
免疫清除期
免疫清除期依然保持“大三阳”状态，但血清HBVDNA水平低于免疫耐受期，肝功能出现异常，血清ALT持续或间歇升高，肝组织学出现中度或严重炎症坏死、肝纤维化可快速进展，部分患者可发展为肝硬化和肝衰竭。
非活动或低（非）复制期
非活动或低（非）复制期表现为HBeAg阴性、抗-HBe阳性（即“小三阳”状态），HBVDNA持续低于最低检测限，ALT水平正常，肝组织学无炎症或仅有轻度炎症；大部分此期患者继续发展为肝硬化和肝细胞癌（HCC）的风险大大减少。
再活动期
部分处于非活动期的患者可能出现1次或数次的肝炎发作，多数表现为HBeAg阴性、抗-HBe阳性，HBVDNA活动性复制、ALT持续或反复异常；这些患者发展为肝硬化和HCC的风险较大。
青少年和成年时期感染HBV，多无免疫耐受期，而直接进入免疫清除期，约90%—95%感染者可自发清除HBV。