在慢性乙型肝炎的抗病毒治疗中，核苷类药物包括5种：恩替卡韦、替诺福韦、替比夫定、阿德福韦和拉米夫定。药物的抗病毒强度以及耐药变异率是选择核苷类药物的重要指标。恩替卡韦和替诺福韦是抑制病毒活性很强的药物，耐药变异的发生率低，是国内外指南推荐的一线用药。初治患者选择恩替卡韦或替诺福韦能快速抑制病毒复制。另外，选择是还需兼顾一些特殊情况，例如，对血清病毒水平较高，或炎症病变较重的患者，选择恩替卡韦与替诺福韦较好；对病情危重和肝移植患者，恩替卡韦与替诺福韦应作为首选。
即使是抗病毒活性最强的恩替卡韦和替诺福韦，实现e抗原清除与血清学转换的比率仍较低，停药易复发。这是核苷类治疗的主要局限。因此，对于选择核苷类治疗的患者，要做好长期治疗，甚至是终身治疗的准备。近期的临床研究证实，对于核苷类治疗已获得应答，尤其是HBVDNA转阴，e抗原清除且表面抗原低水平的患者，可以考虑接受长效干扰素治疗，缩短疗程，争取停药。总之，核苷类药物种类较多，每个药物各具特点，患者应在医生的指导下，根据自身情况选择用药。而对于部分核苷经治患者的停药难题，可考虑采用长效干扰素治疗实现帮助停药的目的。