1、小三阳肝炎病情隐蔽，容易漏诊，危害巨大，是造成中国患者出现肝硬化或肝癌的最重要的原因。
2、有长短不一的缓和期，但是绝少自己真正恢复。这是小三阳肝炎最重要的特点之一。说白了，小三阳肝炎一经确诊，是很难自己好的，必须及时、有效和较长期的抗病毒治疗。
3、小三阳肝炎病毒量波动比较大，病毒时高时低，时阴时阳是常态。大三阳肝炎在免疫清除比较剧烈的时候，也会出现明显的病毒波动，但是多数情况是稳定在较高水平的（一般超过五次方拷贝）。
4、小三阳肝炎的病毒量和肝脏病变是呈正相关的，一般来说，血清中的病毒量越高，肝脏炎症和纤维化越明显。而大三阳肝炎多数情况恰恰相反，病毒量越高，肝脏炎症和纤维化反而越轻微。
5、小三阳肝炎的病毒量一般比较低，多数波动在三次方至六次方之间，达到七次方的比较少。而且谷丙转氨酶水平比较低，往往自我感觉症状不明显。病情隐蔽，就容易耽误和漏诊。
6、干扰素治疗后的复发率特别高。干扰素治疗后短期有效率比较高，但是停药后复发率非常高。复发大多数在一年以内，也可以在三年左右复发，甚至更长时间。复发后病情表现会更隐蔽，更难以获得明确的临床诊断。