生物净化包括生物吸收、分解、降解和转化等，如植物可吸收土壤中的酚、氰并在体内转化为酚糖苷、氰糖苷；凤眼莲可吸收水体中的汞、镉、砷等污染物，其根系微生物可降解转化污水中的有机物；球衣菌可分解酚、氰为二氧化碳和水；一般需氧微生物能把污水中的有机物分解成二氧化碳、水、氨氮、磷等，而厌氧微生物则可把有机物分解为甲烷、硫化氢、硫醇、氨、二氧化碳等。通过生物吸收、分解和转化使污染物（有机物）无机化的过程是生物净化的主要途径。此外尚有使有机物腐殖化（经土壤微生物的分解、合成成为腐殖质，此时病原微生物及寄生虫卵均已死灰）等。