内分泌激素检查：性激素对女性性生理反应的调节作用非常重要，许多疾病或药物会影响性激素的分泌及调节，进而引起女性性功能障碍;甲状腺激素直接影响机体的代谢和神经的反应性，或由于干扰性腺轴的功能，或因情绪因素引起女性性交疼痛。抽血查性激素促卵泡激素(FSH)、促黄体生成激素(LH)、催乳素(PRL)、雌激素(E)、睾酮(T)及甲状腺激素促甲状腺激素(TSH)、游离三点碘甲腺原氨酸(FT3)、游离四碘甲腺原氨酸(FT4)，可协助确诊内分泌源性女性性交疼痛。
1.B超 子宫及附件缺如、畸形，子宫肌瘤、腺肌症、附件包块等可经B超检查明确诊断，必要时配合相应特殊检查如子宫内膜异位的抗子宫内膜抗体检查，进一步确诊。
2.特异性生理检查 主要包括测定性刺激前及刺激后女性生殖道的血流，阴道pH值，阴道顺应性及女性生殖器官震动感觉的界限。
利用超声Doppler即可测定阴蒂、阴唇、尿道、阴道及子宫的动脉的最大收缩血流速度及静脉舒张末期速度，了解外生殖器的性生理反应性。
阴道pH值可间接反映阴道滑润程度和清洁度，可用数字式pH测定仪测定。
阴蒂及阴唇震荡度是反映阴蒂及阴唇对性刺激的反应敏感性的指标，可用生物震感阈测量器测定。
阴道压力/流量变化即阴道顺应性，则用顺应性测量仪测定。
其他躯体性疾病则到相应专科进行诊断治疗。