早期梅毒患者不接受治疗，经过5～10年后将发展成晚期梅毒即三期梅毒。梅毒螺旋体在身体内寄居了多年后，可以深入到各内脏器官，尤其是身体的重要部门：心脏及神经系统，加之病变的破坏性较大，所以三期梅毒对人的危害更大，严重时可危及生命。
最容易引起患者注意的是发生在皮肤上的结节性梅毒疹及梅毒性树胶肿。而对患者危害最大的是心血管梅毒及神经梅毒，它们均发生在感染梅毒的15年或20年以后。
心血管梅毒
心血管梅毒主要发生在主动脉，可引起梅毒性主动脉炎、梅毒性主动脉瓣闭锁不全、梅毒性主动脉瘤及梅毒性冠状动脉口的狭窄，通称为梅毒性心脏病。主动脉直接与心脏相连，由心脏泵出的血液首先进入主动脉，因此主动脉的发炎会直接影响到心脏的功能，引起心脏主动脉瓣闭锁不全及冠状动脉口狭窄。心脏与主动脉间是有瓣膜的，这样从心脏泵出的血液就不会反流回心脏。
如果瓣膜不能完全关闭，那就造成泵出去的血液有一部分又回到心脏，与下一次要泵出去的血液合并，这样就增加了心脏，主要是左心室的负担，久而久之，左心室就会增大，出现主动脉闭锁不全性心脏病。
冠状动脉口的狭窄则使血液不能充分的进入冠状动脉，而冠状动脉是供给心肌营养需要的血管，冠状动脉的血液供应不充分会造成心肌缺血，这就会出现心绞痛，严重的供血不全可以造成心肌梗死，危及生命。
神经梅毒
神经梅毒患者可发生脑实质的病变，出现麻痹性痴呆，患者的性格发生变化，注意力不集中，记忆力逐渐减退，情绪反复无常，会出现各种妄想，有时还可有抑郁症状，说话时口吃，发音不清楚。
口唇、舌及双手不停地抖动。有的患者最终会发生四肢瘫痪，大小便失禁。脑实质病变也可表现为脊髓痨。总的说来，晚期梅毒患者心血管受侵的发生率远较神经梅毒要多见。
发现神经梅毒最可靠的方法是作腰穿，取脑脊液作检查。神经梅毒在出现症状前会先有脑脊液的改变。那么，哪些梅毒患者需要作脑脊液检查呢？
1、得了梅毒，没有治疗，病期超过两年者；
2、病期不明的梅毒患者，或晚期有症状的梅毒或潜伏梅毒者，在治疗前应该做脑脊液检查；
3、梅毒患者已经过治疗，但因治疗不充分或其他原因，在以后的定期检查中，发现临床复发或血清不转阴或血清反应由阴转阳性者；
4、神经梅毒患者治疗后随访。