遗传因素
染色体核型异常最常见的为47XXY（克氏综合征），其它还有46XX，和染色体平衡易位，罗氏易位等。Y染色体微缺失在无精症、严重少精症患者中发病率为10%左右。
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隐睾
隐睾是最常见的先天性生殖器官疾病。患者至少有一侧睾丸不在阴囊内或者睾丸缺如，合并或不合并睾丸的外伤史。双侧隐睾患者中，有44%～100%精子数量低于正常，其中一半以上是无精症，单侧隐睾患者中20%～60%精子数量低于正常。大多数单侧或双侧隐睾患者尽管精子数量减少，但还是可以生育的。
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生殖道梗阻（梗阻性无精症）
生殖道梗阻引起的梗阻性无精症常见的病因为附睾炎性梗阻、幼时双侧腹股沟斜疝术后、双侧输精管结扎术后、射精管梗阻等。精液检查主要表现为精液量正常，但无精子。体检发现患者具备正常体积的睾丸，可触及的输精管，性激素检查在正常范围。此类患者附睾穿刺可见活动精子，睾丸活检提示睾丸组织生精功能正常，可见成熟精子。
先天性输精管缺如是特殊类型的梗阻性无精症患者。其精液量不少，酸碱度偏酸性，体检无法触及单侧或双侧输精管，本病的诊断通过体检即可作出诊断。
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内分泌因素
男性内分泌因素比较少见，临床常见有特发性低促性腺激素性性腺功能减退和高泌乳素血症，主要临床表现为不射精，射精量少，无精症。