(一)治疗
衣原体感染可波及呼吸道、胃肠道，因此口服药物很有必要。婴幼儿可口服红霉素40mg/(kg·d)分4次服下，至少用药14天。如果有复发，需要再次全程给药。成人口服四环素(1～1.5g/d)或多黏环素(100mg，2次/d)或红霉素(1g/d)，治疗3周。局部使用抗生素眼药水及眼膏如15%磺胺醋酸钠、0.1%利福平等。
局部和全身应用四环素类、大环内酯类及喹诺酮类抗生素对此病均有显著疗效。局部可滴用O.25%氯霉素、0.1%利福平、0.3%氧氟沙星或0.05%～0.1%酞丁胺眼药水等。睡前可涂抗生素眼膏，如0.5%四环素、0.5%红霉素或0.3%氧氟沙星眼膏。必要时可加用全身治疗，口服氧氟沙星200～300mg/d，1～3次/d，口服;或阿奇霉素250mg，2次/d口服。也可口服红霉素，成人250mg/次，4次/d，连续7天;婴儿25mg/(kg·d)，分4次口服，连续14天。
(二)预后
未治疗的包涵体结膜炎持续3～9个月，平均5个月。采用标准方案治疗后病程缩短，复发率较低。
应加强对年轻人的卫生知识特别是性知识的教育。高质量的产前护理包括生殖道衣原体感染的检测和治疗是成功预防新生儿感染的关键。有效的预防药物包括1%硝酸银、0.5%红霉素和2.5%聚硒吡酮碘。其中2.5%的聚硒吡酮碘点眼效果最好、毒性最小。