一、引发尿路梗阻
引发尿路梗阻是肾结石最常见的继发损害，同时这也是继发肾损害的主要原因。往往肾结石都会致使泌尿系管腔内堵塞，从而造成梗阻部位以上的积水，而如果肾结石造成肾盂积水过久，会使得排尿受阻，引发尿路梗阻。
二、肾组织为脂肪组织代替
肾结石的危害还有导致肾组织为脂肪组织代替，一般患者在患上肾结石或者肾盂肾炎后，身体上的肾组织会变得萎缩，而萎缩后可能就为脂肪组织所代替，一般患者的肾脏维持其原形但普遍缩小，且还会致使肾包膜与肾的表面紧密粘连，肾组织萎缩而硬化。如果是严重的病例，会出现所剩肾组织极少，甚至完全消失，肾实质与肾盂肾盏间为灰黄色的脂肪组织所填充。
三、造成局部损伤
造成局部损伤也是肾结石常见的一种危害，往往小而活动度大的结石，对局部组织的损伤很轻，大而固定的鹿角状结石可使肾盏、肾盂上皮细胞脱落，出现溃疡、纤维组织增生、中性粒细胞和淋巴细胞浸润，以致纤维化。而且，当移行上皮细胞长期受结石刺激后，可能会发生鳞状上皮细胞化生，甚至可引起鳞状上皮细胞癌。
四、肾钙质沉积症
同时，肾钙质沉积症也是肾结石常见的一个危害，钙质在肾组织内沉着，多发生于伴有高血钙的患者。而原发性甲状旁腺功能亢进、肾小管酸中毒和慢性肾盂肾炎患者，都会有可能出现肾钙质沉淀的危害。通常来说钙质主要沉淀在髓质内。
如果当病变严重时，全部肾实质都可能会有钙沉着，导致间质纤维化，从而使得肾小球硬化和肾小管萎缩。
五、导致肾功能衰竭
如果患上了肾结石没有得到及时的治疗，往往会导致肾脏功能衰竭的出现。肾结石常常会造成堵塞，使得肾脏内的尿液不能顺利排出，就会导致肾脏积水，尿液长期积存在肾脏内，继发感染，甚至出现尿毒症，即为肾功能衰竭，威胁患者生命。