多发型和单发型毛发上皮瘤病理结构相同。位于真皮的肿瘤由许多基底样细胞团索组成，在周边的基底样细胞排成栅栏状，中央排列为网状为筛状结构。团块外围有明显的纤维性间质包绕。肿瘤内含多个角囊肿，中心充满完全角化物质。囊肿周围可有钙沉积，染色深蓝，如角囊肿破裂，间质内可出现异物巨细胞反应。
组织病理：多发性毛发上皮瘤皮损的界限鲜明。角囊肿为组织学上最特殊的特征。由完全角化的中心及其周围嗜碱性粒细胞组成。后者的形态与基底细胞上皮瘤中的细胞一样。角化骤然,完全不像鳞状细胞癌角化珠中逐渐和不完全角化。一个或数层具有嗜酸性胞浆和大而卵圆形的淡水疱状核的细胞，常见于嗜碱性粒细胞和角质囊肿之间。此瘤的第2个主要成分为瘤岛，由与基底样细胞瘤一样的嗜碱性粒细胞构成，常排列成花边样或腺样网状结构。偶或聚集成实性团块。这些瘤岛周围细胞排列成栅状，并由含有中等量成纤维细胞的间质细胞包绕。单发性毛发上皮瘤，只用于显示向毛发结构高度分化的损害。向毛发结构分化相当低的单发性损害，最好归类于角化性基底细胞癌。因此够条件诊断为单发性毛发上皮瘤的皮损，应既有很多角质囊肿，也有顿挫性毛乳头，并见仅在少数区域出现基底细胞癌。