(一)抗菌药物治疗性应用的基本原则
1．诊断为细菌性感染者，确有感染指征再应用抗菌药物应根据患者的症状、体征及血、尿常规等实验室检查结果，初步诊断为细菌性感染者以及经病原检查确诊为细菌性感染者方有指征应用抗菌药物；由真菌、结核分枝杆菌、非结核分枝杆菌、支原体、衣原体、螺旋体、立克次体及部分原虫等病原微生物所致的感染亦有应用抗菌药物的指征。
2．尽早查明感染病原，根据病原及细菌药物敏感试验结果选药抗菌药物品种的选用原则上应根据病原菌种类及病原菌对抗菌药物敏感或耐药，即细菌药敏感试验(以下简称药敏)的结果而定。因此有条件的医疗机构，住院患者必须在开始抗菌治疗前，先留取相应标本，立即送细菌培养，以尽早明确病原菌和药敏结果；门诊患者可以根据病情需要开展药敏工作。
危重患者在未获知病原菌及药敏结果前，可根据患者的发病情况、发病场所、原发病灶、基础疾病等推断最可能的病原菌，并结合当地细菌耐药状况先给予抗菌药物经验治疗，获知细菌培养及药敏结果后，对疗效不佳的患者调整给药方案。
3．按照药物的抗菌作用及药动学特点选药各种抗菌药物的药效学(抗菌谱和抗菌活性)和药动学(吸收、分布、代谢和排泄过程)特点不同，因此，各有不同的临床适应证。临床医师应根据各种抗菌药物的特点，正确选用抗菌药物。
4．治疗方案应综合患者病情、病原菌及抗菌药物特点制订根据病原菌、感染部位、感染严重程度和患者的生理、病理情况制订抗菌药物治疗方案，包括抗菌药物的选用品种、剂量、给药次数、给药途径、疗程及联合用药等。
(二)抗菌药物预防性应用的基本原则
1．内科及儿科预防用药
2．外科围术期预防用药
(三)特殊病理、生理状况患者应用的基本原则