1．如前所述，对艾滋病的药物治疗必须采用高活性抗逆转录酶病毒联合疗法(HAART)，以增进疗效，减缓病毒的耐药性，提高患者的生命质量。
2．在应用核苷酸类HIV逆转录酶抑制剂治疗时，对抗病毒治疗失败者，病毒反弹缘于患者的依从性差和有耐药性，应及时用其他NRTl更换，为选择适宜替代药，宜确定药物相关不良反应是由哪种药所致。
3．鉴于对胎儿的安全性数据尚不充分，NRTl和Pl对幼、婴儿可有不利的影响，并通过乳汁分泌，因此对妊娠、哺乳期妇女慎用；对儿童不推荐应用；对过敏者禁用；对肝、肾、心功能不全者慎用；有肝脏毒性可引起AST、ALT、乳酸脱氢酶升高；肾功能不全者(肌酐清除率>30ml／min)慎用；晚期肾病(肌酐清除率<30ml／min)和肝功能严重不全者禁用。
4．大部分NRTI(扎西他宾、齐多夫定、恩曲他宾)可经肾脏清除，与有肾毒性药(两性毒性B、氨基糖苷类抗生素)并用时，应加强临床和实验室监测，并酌减剂量。
5．NRTl可诱发胰腺炎或周围神经炎，治疗中宜密切观察体征(腹痛、腹泻、恶心、呕吐、发热)，当并用可能潜在引起胰腺炎的药物时，应终止治疗。
6．齐多夫定可抑制骨髓造血功能，导致轻度贫血，治疗期间应定期检查血常规，当血红蛋白低于75～95g／L和中性粒细胞计数减少[(0．75～1．0)×109／L]时酌减剂量。
．鉴于耐药性的变异毒株的出现极为迅速，单一应用Pl易产生耐药性，因此宜与NRTl、NNRTI或另一种Pl联合应用于HIV／艾滋病治疗。同时采用国际上已常规检测耐药毒株的基因型及表型，以迅速确定突变部位及交叉耐药的情况。
8．应用PI治疗期间应确保足够水化疗法，为避免尿结石的发生，每日须饮水在1500ml以上。此外，Pl对泌尿道或肾结石者慎用；对轻、中度肝病者慎用。
9．利托那韦、阿喷那韦、洛匹那韦须在特殊监护下开始治疗。用于血友病患者的治疗会有导致自发性出血的现象，应注意对出血和血液变化的监测。
10．服用利托那韦、洛匹那韦的患者有发生胰腺炎甚至死亡的危险，晚期HIV者的发生率更甚，如出现恶心、呕吐、腹痛、血清脂酶和淀粉酶升高者应及时停药。