AIDS由HIV感染所引起。HIV是一种逆转录病毒。
在AIDS病人中分离得到两种类型的HIV，即HIV-1和HIV-2。HIV-1是美国、欧洲和中非的最常见类型，HIV-2则主要在西非。HIV-2的基因组和HIV-1仅有约40%-50%的同源性。两型所引起的病变相似。
AIDS的发生机制
在HIV直接和间接作用下，CD4+T细胞功能受损及大量破坏，致使细胞免疫缺陷。HIV由皮肤、粘膜的创口及针孔注入人体血液，与CD4+T细胞表面的CD4分子(受体)结合，病毒外壳蛋白留在CD4+T细胞膜上，核心进入细胞。已证明HIV单独与CD4分子结合并不足以引起感染。HIV还必须结合到细胞表面的其他分子，如CXCR4和CCR5，才能进入细胞。这些分子称辅助受体。在逆转录酶的作用下，HIV RNA逆转录成前病毒DNA，然后整合入宿主基因组，产生新的病毒颗粒。新的病毒颗粒以出芽方式逸出CD4+T细胞，同时引起该细胞的溶解和死亡。逸出的病毒再感染其他CD4+T细胞，造成CD4+T细胞的大量破坏。众所周知，CD4+T细胞在免疫网络中起着关键的作用。由于CD4+T细胞的大量破坏，总数下降，使免疫平衡破坏而造成免疫缺陷，从而引起机会感染和恶性肿瘤的发生。
在HIV感染过程中还有其他免疫细胞的功能损害。HIV还可侵袭单核巨噬细胞系统的细胞和其他细胞(B淋巴细胞，小胶质细胞和干细胞)。单核巨噬细胞表面有少量CD4分子，HIV可与之结合进入细胞。更重要的是抗HIV-HIV复合物与单核巨噬细胞表面的Fc受体结合后被吞噬到单核巨噬细胞内。在单核巨噬细胞内，复制的病毒通常贮存在胞质内，并不引起单核巨噬细胞的破坏。由于单核巨噬细胞具有游走功能，因而导致HIV的扩散。另外，感染有HIV的单核巨噬细胞功能也有缺陷。
当然在整个HIV感染过程中还可能有其他机制的参与。