(1)消化道症状：常呈现间断性腹部隐痛、腹胀、腹痛、腹泻为本病主要表现。遇冷、进油腻之物或遇情绪波动、或劳累后尤著。大便次数增加，日行几次或数十余次，肛门下坠，大便不爽。慢性肠炎急性发作时，可见高热、腹部绞痛、恶心呕吐、大便急迫如水或粘冻血便。
(2)全身症状：呈慢性消耗症状，面色不华精神不振，少气懒言，四肢乏力，喜温怕冷。如在急性炎症期，除发热外，可见失水、酸中毒或休克出血表现。
(3)体征方面：长期腹部不适或少腹部隐隐作痛，查体可见腹部、脐周或少腹部为主，有轻度压痛、肠鸣音亢进、脱肛。
非特异性肠炎包括肠多种非特异性炎症性疾病，大都病因不明，在病理学上无特异性变化，故称为非特异性肠炎，主要有3种。
（一）急性出血坏死性肠炎
急性出血性坏死性肠炎（acute hemorrhagic enteritis）或简称坏死性肠炎。是以小肠急性出血坏死性炎症为主要病变的儿科急症。常发生于婴儿，临床主要表现为腹痛、便血、发热、呕吐、腹泻等，重者常引起休克致死。
有较多的报告提出，本病是一非特异性感染如细菌、病毒或其分解产物所引起的激烈的变态反应（Schwartzman反应）性疾病。肠组织的出血、水肿、坏死及炎症反应均符合该种变态反应的表现。此外，一些学者在本病患者肠腔中发现一种可产生剧烈毒素的F型厌气菌，其B毒素有引起强烈的溶血、坏死作用。但此种细菌的病因作用尚待进一步证实。
（二）局限性肠炎
局限性肠炎（regional enteritis）亦称Crohn病，是一种病因未明的肠疾病。病变主要累及回肠末端，其次为结肠、近端回肠和空肠等处。消化道其他处偶见发生。因病变局限且呈节段性分布，故称为局限性肠炎。
临床表现主要为腹痛、腹泻、腹部肿块、肠瘘形成及肠梗阻等症状。本病呈慢性经过，病程较长。经治疗后病情可缓解，但常复发，不见癌变。本病与肠结核、慢性溃疡性结肠炎等常甚难鉴别。
（三）慢性溃疡性结肠炎
慢性溃疡性结肠炎（chronic ulcerative colitis）是结肠的一种慢性炎症。因其病因不明，故又有特发性溃疡性结肠炎（idiopathic ulcerative colitis）之称。病变可累及结肠各段，偶见于回肠。本病病变部位多以直肠、乙状结肠为主。这可能是由于该处镜检诊断较为方便之故。临床上有腹痛、腹泻、便血等症状，病程有时缓解，可持续多年。