生殖器疱疹的病原体主要通过性生活传播。通过性生活将存在于皮肤和粘膜损害的渗出液、前列腺分泌液、宫颈、阴道分泌液中感染到其他载体上。引起生殖器疱疹的病毒叫单纯性疱疹病毒。该病毒可分为1型、2型。
1型主要存在于呼吸道、唇、口、眼结膜、角膜和皮肤，可引起腰以上部位的病损，上述部位发生的疱疹绝大多数是1型病毒引起的。2型病毒主要存在于男女生殖器部位，如男性的阴茎、尿道、宫颈等处。生殖器官发生的疱疹90%是2型病毒所引起。单纯疱疹病毒，离开人体不能长期存活，因此，必须依靠人体的直接接触传播。病毒可以经皮肤破损处或粘膜侵入人体，先在入口的地方生长繁殖，然后通过血行播散。
2型病毒爱侵犯15～30岁性活跃期的青年人，两性关系混乱者发病率高。除有症状的患者外，有些带毒者可无症状，但都可以传染给别人