利用水的温度、浮力等机械刺激和化学的刺激(如水中溶解某种药物)而达到治疗目的的方法称为水疗法。借助水的浮力以减少自身重力影响，患者在水中进行辅助性或抗阻性运动锻炼，促进小儿发展正常的运动模式和自控能力。水波对能起到按摩作用，减轻肌痉挛。水疗也可促进肌张力低下患儿进行肌肉活动。
水疗时应注意控制水温在27～38℃，室温在25～27℃左右。先让患儿躺在水池中预先安放的治疗床、托板或椅子上，或直接温水浸浴。以后可利用器械辅助训练，在浅水中进行步行训练，平衡训练等，也可作局部瘫痪肢体温水浸浴。温水疗法每日1次，每次15分钟左右。
水疗中注意安全保护，防止喉痉挛。有皮肤病、呼吸道感染时暂停水疗。对水恐惧者要先行脱敏疗法，让他逐步适应。通常治疗师要与患儿1对1进行训练。