不同类型的抽动障碍的预后不一样，治疗原则也是不一样。
（一）短暂性抽动障碍
本症一般预后良好，大多数可自行好转。可是目前的研究尚不能提示我们什么样的短暂性抽动障碍将来会缓减，什么样的短暂性抽动障碍会持续存在或逐渐加重。一般来说，对于抽动症状程度轻、干扰损害少者无须特殊治疗。重视寻找可能相关的躯体因素或社会心理因素，并给予正确的指导。对于患儿一方面避免过度紧张疲劳和其他过重的精神负担，另一方面帮助患儿理解和接受症状减轻由此而带来的羞怯和不安；对于家长同样要理解和接受症状同时还要注意避免因其过度关注而强化症状的现象。抽动症状十分频繁或抽动形式越来越复杂多变者可给予药物治疗，具体给药方法参阅“多发性抽动障碍的治疗”。
（二）慢性运动或发声抽动障碍
本症一般无须特别治疗，尤其对于症状已持久固定不变，已形成了习惯如成年人清嗓子或眨眼抽动等，对日常生活、学习或工作并无影响者，一般不须要用药治疗。
（三）多发性抽动障碍 即Tourette综合征或抽动—秽语综合征
本症的病程呈缓慢进展，症状起伏波动，新的症状可代替旧的症状。疾病初期有少数病儿可短暂自行缓解。Robertson（1994）认为到了青春期，TS症状变得越来越难以预期，估计30~40%的抽动症状到青春期后期会缓解。症状严重程度不一，轻者不被人们所注意，可照常上学；严重者则干扰日常生活和学习，尤其伴发行为症状，如注意缺陷多动、强迫及其他行为障碍等。
治疗上需药物治疗与心理行为治疗相结合。