1、染色体异常。常见的有男性假两性畸形、克氏综合征和XYY综合征。
2、内分泌疾病。原因是促性腺激素缺乏。常见的有选择性促性腺功能低下型性机能减退，即Kallmann氏综合征；选择性LH缺陷症和FSH缺陷症；肾上腺皮质增生症；高泌乳素血症等。
3、生殖道感染较为常见。近年来随着性传播疾病发病率的提高，生殖道炎症如前列腺炎、附睾炎、睾丸炎、尿道炎的发病率和严重程度有所增加，严重影响男性的生育能力。
4、输精管道梗阻。影响精子的输送。
5、睾丸生精功能异常。常见于隐睾，精索静脉曲张，毒素、磁场、高热和外伤等理化因素皆可引起睾丸的生精障碍。
6、精子结构异常和精浆异常。影响精子的运动、获能和顶体反应等。
7、免疫性不育。男性自身产生的抗精子免疫和女性产生的抗精子同种免疫均可引起男性不育。
8、男性性功能障碍。阳痿、早泄、不射精和逆行射精皆可引起男性不育。